在这种情况下，华夏政府第三战区司令顾长官依然按照以往的经验，对日军进行反击，那势必就会落入日军第十三军后续部队的夹击之中，以至于华夏政府第三战区的反击部队遭到了巨大损失。
至于华夏政府第九战区的司令薛长官，他在这次浙赣会战中的指挥也是有一些问题的。
第一点，薛长官对支援第三战区作战本身不是很热心，派去支援第三战区的第七十四军、新二十二军、第二十六军和预备第五师并没有一次性投放到战场，而是逐次使用，这势必会影响前线部队的攻击力，以至于在局部战场虽然获得优势却未能及时转化为胜势。
第二点，华夏政府第九战区和第三战区的部队之间，在作战上完全的没有任何协同，日军第十一军的部队开始加入到浙赣会战中后，整个战场上的形势已经非常明确的指向了赣江以东，可薛长官仍然坚持把华夏政府第九战区的主力部队部署在赣江以西地区，这就使得在日军发起进攻后，华夏政府第九战区的部队根本无法与第三战区部队协同作战。
当华夏政府第三战区司令顾长官在看到第九战区的薛司令如此的不配合自己这边的作战，于是，第三战区司令顾长官只得向政府最高层去告状，而当时，第九战区派出了二波增援第三战区的援兵，以第四军、第五十八军和第七十九军为主力，但这些部队全都被薛长官安排部署在了赣江的西岸。
在收到第三战区司令顾长官的告状电报后，政府最高层也是头疼不已，自己的这两个心腹爱将居然在会战之中闹起了矛盾，于是，经过再三的考虑后，政府最高层决定把自己在政治上的平衡之术用在这次的军事矛盾上。
政府最高层发电报给华夏政府第九战区司令薛长官，要求薛长官把第五十八军和第七十九军部署在赣江东岸，并把这两个军的作战序列归属于第三战区进行作战指挥，而第四军则还是按照薛长官的作战意图，部署在赣江西岸，这样的话，既满足了第三战区顾长官的部分要求，又没有让第九战区司令薛长官丢掉面子。
但是，华夏政府第九战区司令薛长官确给政府最高层发来了洋洋洒洒的一个长篇大论的电报，在电报中，薛长官也是说明不能将部队部署在赣江东岸，那样的话部队将会面临背水一战的风险，而且，自己把部队部署在西岸，也是准备伺机而动，这样既可以保证赣江以西地区的安全，又可以威胁到日军的侧翼，反正总结起来就是一句话，不准备执行政府最高层的这个命令。
政府最高层一看薛长官的态度这么的强硬，深知薛长官的牛脾气的政府最高层也是没有了办法，最后，只能是和稀泥的重新命令华夏政府第九战区和第三战区以抚河为界，各自作战。
政府最高层的这一顿骚操作，直接就让华夏政府第三战区的部队看起来好像是在同第九战区的部队协同作战，但两个战区之间的部队在作战期间其实互相之间毫无协同配合。
第三点，那就是华夏政府第九战区司令薛长官也同样错误的判读了日军这次浙赣会战的作战目标。
其实，日军第十三军准备发动“浙省作战”的时候，作战计划确实是准备在摧毁华夏政府在浙省的大量野战机场之后就撤兵，日军第十三军司令官泽田茂中将在作战计划中规定个部队撤退的时间为七月十五日。
当华夏派遣军司令畑俊六中将把日军第十三军司令官泽田茂中将的“浙省作战”计划改为“浙赣作战”的时候，从日军这次会战投入的兵力配置上就能发现不对劲，因为只是破坏浙省的那些野战机场的话，日军是不需要出动这么大规模兵力的，可这个细小但又非常重要的情报，却被薛长官严重的忽视了。
浙赣会战可以分成两部分来看，以日军第十三军的进攻部队占领衢州为分界点，在日军第十三军的进攻部队占领衢州之前，华夏政府无论是第三战区还是第九战区，各个参战部队其实总体上来说打得还都还算是不错的。
而在日军第十三军的进攻部队占领衢州后，华夏政府第九战区司令薛长官和第三战区司令顾长官犯了同样的错误判断，都认为日军在占领衢州后，已经完成了作战目标和任务了，日军接下来就应该撤退了。
所以，两位长官才冒失的下令对日军进行反击，不料被早有准备的日军第十三军司令官泽田茂中将抓住了机会，把华夏政府的反击军队夹在了中间进行攻击，造成了华夏政府的反击部队损失巨大。
从1942年5月15日到9月30日，为期四个半月的浙赣会战终于是结束了，华夏政府第三战区和第九战区虽然在会战中没有取得最后的胜利，但日军也因此停止了入侵川陕的计划，从大的层面上来说，这次浙赣会战还是华夏政府占了便宜。
在战后，日军大本营和派遣军也是在战后的总结会议上承认，虽然日军在这次的浙赣会战中抢了很多重要的物资，但由于这次浙赣会战属于突然发动的作战，部队无法选择对自己有利的时机开始作战，造成了日军进攻部队官兵们巨大的伤亡，是一次得不偿失的作战行动。
更让日军大本营和华夏派遣军觉得可惜的，那就是这一次的浙赣会战也是把之前为了“川陕攻略”作战计划，好不容易储备的作战物资和弹药消耗的差不多了。
这让“川陕攻略”作战计划的实施变得更加的遥遥无期了起来，错失了能够一劳永逸解决华夏战事的一次好时机。
对于日军大本营来说，士兵的损失还是比较好补充的，但是弹药和物资的补充就是一件非常麻烦的事情了，随着日本开始在东南亚和太平洋上发起进攻，对战争物资的需求那将是一个天文数字，以后想要再组织起对华夏政府这么大规模的进攻，是不太可能的了。