第一阶段，卡卡西共培养了十种不同的神秘细胞；
第二阶段，才进入到真正的研究阶段。如果说培养期一共花了半年时间，那么研究期持续了整整一年。哪怕卡卡西的本体并不在，卡卡西的木遁分身们也会一丝不苟完成研究与记录！
第一个研究课题，神秘细胞自身到底是一种什么样的特性？
为此，卡卡西分别准了单独神秘细胞，以及各种不同特性催生快速成长神秘细胞。无一例外，这一细胞竟然具有极其强大吸收特性，更准确来说它会吞噬一切查克拉物质。强大的特性，吞噬比较缓慢；较弱的特性，吞噬极为快速。
是轮回眼能力，让自己的身体细胞同样具备了吞噬一切查克拉特性强大本体。还是这样身体，才孕育出了类似眼睛？
这个答案，卡卡西更亲睐后者。就算是再强大种族，也不可能天生就能开启六勾玉轮回眼。最好例子，长门拥有最为优秀的漩涡一族血统，成年之后也不过是勉强使用轮回眼基本能力。所以，是身体先一步影响到了眼睛的开启，而后眼睛才影响到身体进一步完善成长。
因此，卡卡西的研究计划在理论上是可行的。只要卡卡西让自己的身体来到最适合眼睛提升状态，眼睛自然会因为身体的改变发生改变！
第二个研究课题，一尾、三尾、九尾、十尾分别培育出来的神秘细胞，有什么差别？
单纯一尾细胞特性进行培育，需要消耗的一尾细胞特性非常之多，以至于卡卡西多次拜访了砂忍村我爱罗；
同样，单纯三尾细胞特性进行培育，需要消耗的三尾细胞特性不在少数。一段时间，卡卡西在水之国找到了三尾本体；
九尾就地取材，一如九尾强国其它尾兽太多，九尾细胞特性对前面两者产生了碾压效果；
星忍村的“星”最后还是待在卡卡西实验内，将单独十尾查克拉培育与前面三者进行比较。卡卡西发现了一个异常有趣现象，十尾查克拉特性竟然是最高度契合神秘细胞的那一个！
第三个研究课题，一尾、三尾、九尾，共同催生培育出来的神秘细胞。一尾、三尾、九尾，十尾共同催生培育出来的神秘细胞。二者，有什么差别？
首先，必须承认神秘尸体细胞本身，对尾兽查克拉有着非常好适应性，仿佛刻在细胞里烙印。哪怕是一尾、三尾、九尾，亦或是一尾、三尾、九尾、十尾这样的组合查克拉特性，最终都要被神秘细胞化为自己的生长养分；
其次，如今的十尾细胞特性就像是一个空壳，当它吸收到了一尾、三尾、九尾之后，重新的具备了真正十尾查克拉的强大特性。
研究的结论是，吸收了一尾、三尾、九尾特性的十尾查克拉特性本身，培养出来的神秘细胞。不只是碾压任何单独尾兽查克拉培育，还碾压一尾、三尾、九尾联合培育出来的神秘细胞！
第四个研究课题，卡卡西自身细胞特性对神秘细胞效果。卡卡西的自身细胞一共有两个样本，第一样本是卡卡西未曾真正吸收漩涡生命之力之前，第二样本是卡卡西吸收漩涡生命特性后，两个样本是否能够吞噬神秘细胞、或者被神秘细胞所吞噬！
第一样本，卡卡西两年半以前的细胞与神秘尸体细胞进行了一场旷日持久战争，神秘细胞要吞噬一切，而卡卡西的第一样本细胞在尽全力免于自己被吞噬。这一场战争足足进行了一百多天左右，卡卡西的第一样本细胞才彻底化为了神秘细胞养料；
第二样本，一年半以前卡卡西初步拥有漩涡细胞生命特性之后。这一次开始与一年半以前的战争，直到半年前才堪堪有了最终的结果。
答案是，哪怕被卡卡西视为最强阳遁基础细胞，在生命本质上依旧与神秘细胞有着一定差距！
第五个研究课题，是否能利用神秘尸体、神秘细胞本身，为卡卡西阴遁之力作出质的提升！
第一种方式，一如曾经掠夺九尾、三尾、一尾，乃至木遁细胞一样，强行让不可能成为可能；
第二种方式，先让眼睛发生质变，一如自己当初身体承受万花筒写轮眼一样，后让身体习惯轮回眼存在。
第一种方式，在某种意义上是最不可取方式。如果不是卡卡西灵魂之石成为了最好的容器，如果不是香磷存在改善了体质，这么多不属于自己的力量只会加速侵蚀身体、透支细胞生命。得到九尾力量那些年遭遇痛苦，木遁细胞之力差一点就让卡卡西变成一颗真正的大树。比之前面两者更强的全新神秘细胞，很可能成为压到卡卡西身体最后一根稻草。
第二种方式，先以神秘尸体细胞孕育出最强的眼睛，而后再以最强的眼睛锻炼出最强的身体。卡卡西过去十年是这样走来的，万花筒写轮眼瞳力让卡卡西身体细胞变得坚韧无比，这才没第一时间在木遁细胞冲击崩溃；如今，卡卡西依旧是要进行这一步，以轮回眼的瞳力不断地压榨出身体恰能。
鸣人、小樱、佐井和大和组成了最新卡卡西班，而卡卡西自己则终于开始了邪恶计划第一步，也是三年以来继培养阶段、研究阶段之后的最终试验阶段！
这一天，卡卡西分裂了自己灵魂，而且一次就是三分之一；这一天，卡卡西挖出了写轮眼，陪伴这具身体整整十五年万花筒。忍界全新纪元，就从这一刻翻开。卡卡西本体不再出现，取而代之是那句神秘尸体本身...
“不错！”这具身体兼容性真的太强了，卡卡西的血液、卡卡西细胞、卡卡西灵魂，甚至于卡卡西的查克拉。唯一让卡卡西无话，哪怕卡卡西先期已经培养了数以百份乃至千份儿细胞。当卡卡西正式入主这一具身体之后，每天都要消耗无份以上神秘细胞作为补充。单纯查克拉无益于轮回眼孕育，因为卡卡西无法做到查克拉吸收，唯有依靠同源细胞本身！