工藤新一从小顺风顺水，一直以来都是同龄人中的佼佼者，甚至能力胜过大部分成年人，成为被警视厅和媒体竞相吹捧的“警视厅的救世主”、“高中生名侦探”，直到偷窥组织交易过程，被琴酒灌了Aptx4869变小，他才真正遭遇了人生中的第一个重大挫折。
虽然在组织中做实验体的生活痛苦又可怕，但工藤新一并不是那么容易被打倒的类型，他一直没有放弃过逃生的希望，在接到雪莉的橄榄枝后，很快判断出对方应该是真心合作，顿时抓住了这个机会。
阿笠博士和宫野明美对实验基地的了解都不够多，雪莉虽然智商很高，在推理方面的能力却十分一般，关于基地的安保布防、盯梢规律这些细节，都是工藤新一通过观察和雪莉提供的信息推测出来的。
孩童的身体让他面对组织的管制毫无挣扎之力，但即便如此，他聪明的头脑和推理能力还是为自己带来了一条生路。
他成功了。
成功逃出组织实验室让工藤新一收获了重大折戟后的第一次成功，虽然道理上知道组织势力庞大，不是能够轻易对付的，但当逃出组织这个愿望成功后，他便情不自禁想要做到更多——恢复大人的身体，毁灭组织这个犯罪集团，伸张正义，从此不必在他人的庇佑下生活。
工藤新一的心中满是昂扬的斗志，他不明白，为什么自己的父亲会拒绝来自FbI的求助。
工藤新一满脸是对破坏组织行动、打击组织力量的渴望，十分不解地看着工藤优作。
工藤优作对自己的儿子何其了解，只一眼就看出了他在想些什么。
但他并不准备改变自己的决定。
工藤优作看着工藤新一，认真地说：“因为我们能力不足。”
工藤新一有些茫然，他是有听到赤井秀一的说法，FbI大部分人忙着搜寻雪莉的下落，能参与这次行动的最多只有10个人。但组织那边派出的人手显然也并不多，FbI人手紧张，被他们牵制的组织也不应该还有那么多空闲的成员才对。
至于能力方面，对这些成功将自己从实验室救出来的FbI探员们，工藤新一还是比较信任的。
当然，这也可能与和他接触最多的就是赤井秀一这位精英有不少关系。
工藤优作却持有不同观点。
他有些于心不忍，但看着自己儿子天真稚嫩的脸，还是说道：“还记得阿笠博士是怎么去世的吗？”
工藤新一一愣，悲伤顿时浮上了他的脸庞。
为了救他，一把年纪的阿笠博士冒险潜入组织，在逃出组织控制的时候，明明已经摆脱了组织成员，有着警察的贴身保护，却还是被那位代号成员杀害了。
工藤优作做出计划的时候并没有预想到这一点。
毕竟现场有多位FbI探员，他自己为了和贝尔摩德交流，并没有要求多少探员贴身保护，除了少数疏散群众、准备接应工藤优作的探员，其他人都应该投入到营救阿笠博士的行动中了。
为防意外，他还提前叫来了日本本地的警察，提前预警这里有人携带危险武器，数量不少，会造成严重治安危害。虽然没有明说对手是组织这样的庞然大物，但工藤优作本意只是让他们牵制在外接应的外围成员，提醒到这个地步，也应该足够了才对。
但他没能想到，那么多FbI探员都没能留下波本这个能力突出的代号成员，为数不多追击上去的那些还被放倒在电梯口，被波本没花多少工夫就一波解决，让阿笠博士孤立无援地被带了出去。
随后赶来的日本警方将大部分精力放在了鉴别人群中那些携带武器的外围成员身上，并不知道自己对付的是怎样专业的犯罪团伙，防备不足，让阿笠博士在他们眼皮子底下被枪杀了。
阿笠博士的尸体被警视厅收敛，工藤优作只在FbI的保护下去认领了尸体，之后的葬礼也大部分是FbI探员们帮忙代劳的。
他们不敢让工藤优作继续在外行动，生怕继续失去这位组织的目标。
被FbI困在安全屋中的工藤优作，想到至今仍然没能恢复健康的工藤有希子，和停尸房中冰冷灰败的阿笠博士的尸体，陷入了沉重的自责与后悔中。
在前一次与组织成员的交锋中，贝尔摩德有意识对他和妻子放水，那位不听指挥的狙击手其实也并未真正造成工藤有希子死亡，没有目击组织和FbI交锋现场的工藤优作错误的估计了FbI探员们的战斗力，才造成了这样惨烈的结果。
工藤优作并不能因此责怪牺牲众多的FbI，只好责怪没有了解全盘情报，轻易做出不成熟计划的自己。
而现在，FbI牵扯到了他与妻儿一家三口的安危，吸取了之前教训的工藤优作只能谨慎再谨慎，不敢再轻易插手FbI的战术安排了。
鉴于FbI的赤井秀一现在就在房间里，赤井秀一没有把话说得太明白，但工藤新一也多少理解到了他话里的意思——
FbI的战力不足以在组织手中保下阿笠博士，在如今人手更加不足的情况下，想要保护一位明显更加重要、有着政治意义的大人物，更不是一件容易的事。
“……但我还是想要试试。”工藤新一低着头，小学生的体型让他看起来沮丧得可怜，“既然已经知道了组织想要犯下的罪行，我怎么可能不去阻止。”
工藤优作沉默以对，没有松口。
他承受不起失去儿子的风险。
正在这时，房门被从外面打开，发现儿子不见了，有些担忧地出来寻找的工藤有希子出现在了门外。
“有希子……”工藤优作紧张地走过来扶住她，之前的枪伤穿透了胸腔，虽然没有伤到心脏，却仍然极大程度地损毁了她的健康。
工藤新一快跑了两步，也想要过去搀扶，却反应过来自己如今的体型根本无法做到这一点，失落地站在原地。
反而是工藤有希子拉扯着工藤优作，走到工藤新一身边，蹲下抱住了他。
“老公，就让新……柯南酱试一试吧。”工藤有希子并没有听到之前的对话，但对于儿子想要阻止组织罪行这件事，却是支持的，“他总不能一直这样躲下去吧？”
工藤优作看着自己妻儿期待的目光，最终无奈地叹了口气。