既然成立了皮岛商行，朱由检就打算如毛文龙时期一样，继续保持皮岛“自由港”的地位。百度：本名+除了商行的船只可以去海外贸易以外，当然也得允许海外的商船来皮岛交易。这就又涉及到两大问题：安全和监管。
所谓安全，自然是指皮岛的防务。东江镇现在只剩下皮岛及附近的若干小岛，虽然是弹丸之地，兵力也不很多，但处于朝鲜和后金之间，进可攻退可守，战略地位十分重要。如果山海关乃至京师是未来的前线主战场，那么皮岛就是敌后第二战场，可以骚扰后金的后方，牵扯其兵力，使鞑子不敢全力进攻主战场。
所以皮岛绝对不容有失。由于是海岛，所以只要防住来登陆的舰队，女真人就只能望洋兴叹。而狡猾的女真人会不会打着贸易的幌子，偷偷派人上岛搞破坏，甚至直接攻岛？朱由检必须考虑到这种可能性。
所以朱由检要黄龙做的第一件事，就是整编皮岛水师。本来皮岛共有战舰十七艘，其中毛文龙的旗舰最大，是八百料的福船，不过换算成排水量，大概也就是四五百吨。剩下的三艘六百料战舰，分别为孔有德、尚可喜、耿仲明所有，现在也被三人带跑了。余下多为四百料船，甚至还有一百料的小船，比渔船也大不了多少。
朱由检命令黄龙坐镇于旗舰之上，非特殊情况不得下船。而毛承禄则驻于皮岛之上，负责日常管理。说到底，朱由检还是对毛承禄不大放心。如果毛文龙已经被杀，他是绝不会留毛承禄在岛上的。现在毛文龙要被押往京师，毛承禄应该还不敢怎么样，而皮岛又人才奇缺，权宜之下，朱由检也只得让他留任。以后只要有合适人选，朱由检肯定要把毛承禄调走。现在让黄龙直接掌管舰队，毛承禄就算有异心，没船照样什么也做不成。
朱由检给黄龙下达的近期任务是：暂时不必急于袭击后金，先把皮岛海防巩固了再说。每日舰队要在附近海域巡航，凡有至皮岛贸易的海船，必须先在外海停船受检，没有问题之后才放行停靠，这样就基本杜绝了女真人偷袭的可能性。
至于对外来海船的税收，毛文龙时期是按船收税，一艘船收个几十两白银。相对于一次动辄成千上万两的交易量来说，这点银子实在微不足道，所以才能吸引大量的走私船前来。
朱由检却改变了这个规矩，改为按货值收税。这在前世本是常识，因为货物种类千差万别，货值也相差悬殊，按船收税虽然简单，但却很不公平。
改为按货值收税后，虽然监管的工作繁琐了许多，比如船主要申报、守军要核点，而且为了继续吸引商船前来，朱由检也把税率定得很低，算下来与以前也差不了多少；但朱由检的目的是让贸易方养成照章纳税的习惯，而且海关收税也是一个主权国家的当然权力，对外贸易总量变大以后，税收收入也会是财政收入的一个重要来源，对现在的皮岛而言尤其如此。靠着自收自支，皮岛就可以解决一部分军饷了。
将皮岛的防务和主要经济问题做出安排后，接下来就要处置岛上的其余人员了。其中一部分是毛文龙招募来干活的工人，这部分人朱由检基本留用，因为岛上的建设还少不了他们。而最棘手的问题，就是如何处理那几千名女子了。
毫无疑问，朱由检是绝对不会允许技女在皮岛继续存在的。但他们或是被毛文龙掳来，或是因为生活极度困苦而主动前来，而且日本人、朝鲜人、女真人甚至欧洲人都有，朱由检也不可能把她们一一遣送回原籍。
向这些女子征询意见的结果，也印证了朱由检的判断。她们别说是无家可归，就是有家也没脸回去了。数年皮岛卖笑生涯，已经在她们的心中刻下了深深的伤痕；如何抚平这些伤痕，让这些可怜的女子做回正常人，可让朱由检颇费思量。
初时朱由检曾经考虑，干脆将她们留在岛上，与守岛士卒结成夫妻。可是后来一想，此举大为不妥。因为这些人都有着不堪回首的过去，即使以后成家，但皮岛一共也没多大，低头不见抬头见，一旦碰到过去的“主顾”，实在太过尴尬。若甚至因此产生“出轨”等事，极易引发士卒之间的矛盾，对严肃军纪殊为不利。
最后朱由检下定决心：将这些女子全都运回京师。在那里，没人知道她们的过去，她们可以和那里的百姓成亲，并且参与未来京师的建设。这个人口迁移工程可不算小，至少也得往返几十次才能运完。朱由检严令：在等候船只期间，禁止任何人再去骚扰这些女子，违者立斩不赦。并且每人赐银二十两，权且算是对她们这几年受到的欺凌的一点补偿。
至于这里面的一些外籍女子，朱由检把她们挑出来，待风暴平息之后，随自己同船返回。这倒不是他想品尝什么“异域风情”，而是这些女子都会外语。
朱由检现在急需懂得外语的人才，偏偏大明向来以天朝上国自居，几乎就没人会外语。他也不可能总指望着那几个传教士，一来他们人数太少，二来他们来中国都另有所图，不能太过倚重。而这些外籍女子没有任何政治目的，被解救出来之后又心存感激，当外语教员实在是再合适不过了。
这七天就在忙忙碌碌之中飞快地过去了。虽然皮岛事务仍是千头万绪，朱由检却一天也等不下去了，他心里最牵挂的，始终是大凌河的数万边军。
这一晚他夜不能寐，索性与袁崇焕来到海边，顶着刺骨的寒风观察咆哮的大海。不知过了多久，他突然海面上有一片亮光，随着上下浮动的波涛不停闪耀变幻。
“那是什么？”朱由检不禁奇道。
袁崇焕定睛一看，不禁大喜道：“那是月亮在海中的倒影！圣上，天气放晴了！”