两名中军突然昏迷跌倒，高第急命人将他们抬出去，以免影响会议进程。朱由检初时倒也没太在意，只是随口说了一句：“高大人，这两名士卒似乎是发高烧了，须得好好调治。”
高第却是双眉紧锁道：“遵旨。不过圣上，近日天气转暖，城中染上时疫的士卒突然增多。此疫发病颇急，病情凶险，圣上还是要以龙体为重，尽快返回京师。”
“时疫？”朱由检突然心中一动，急止住往外抬人的士卒，蹲在地上仔细观看那两名突然昏迷的中军。这时二人已经稍稍恢复了意识，但仍烧得满脸通红，寒战不止，呼吸急促，咳嗽剧烈，颈下有淤斑，并且还是忍不住去抓挠腋下与裆部。
朱由检急命人扒开二人的衣服，这下议事厅内的众人全都惊呼出声。原来二人的腋下和腹股沟已经大面积化脓溃烂，全身的皮肤呈现令人不寒而栗的黑紫色！
“糟了！黑死病！”朱由检急忙起身掩住口鼻道，“快，快将这二人隔离，严禁任何人靠近！”
“什么是‘黑死病’？”众人莫名其妙地问道。
“就是鼠疫！”朱由检见众人还在发愣，厉声说道，“此病是烈性传染病，这两人现在就是传染源，必须马上隔离，你们还愣着干什么！”
众人这才反应过来，几名士卒刚要继续搬动病人，朱由检急制止道：“此病可通过飞沫传播，你们快戴上口罩！”
士卒们却是一头雾水，不知道“口罩”为何物。朱由检这才想起，这个时代因为还不知道细菌和病毒的存在，更不知道细菌和病毒能通过空气中的唾液飞沫传播，所以大概还没有口罩。他只得临时变通，让士卒们用一块布将口鼻严严实实地遮挡住，然后将病人抬入一间空房子中。
见皇帝如此重视，高第还要叫军医前来诊治，朱由检却摇头黯然道：“不必了。这两人身上呈现黑紫色，说明全身血液已经被破坏，即使华佗重生也是回天乏术，恐怕一二日内就会死亡。军中有纱布没有？”
高第忙答道：“这个自然有。将士在阵前受伤，需用纱布包扎伤口，因此纱布是军中常备之物。”
“马上用纱布连夜赶制口罩，每个士卒都要至少发两副！”
朱由检急向中军介绍了口罩的做法。其实也没什么可介绍的，因为口罩的制作实在是太简单了，无非就是一块纱布，两边用绳绑在耳朵上，这样就可以将口鼻严实地遮挡住。
中军领命而去之后，朱由检又匆匆地道：“不开会了，你们马上随朕到军中视察疫情！”说着便找了块布缠在脸上，权且代替口罩。
众人见皇帝如临大敌，也知道事态紧张，忙依葫芦画瓢，将口鼻用布遮挡住了。朱由检即在众人的陪同下，在山海关的守军驻地转了一圈。
不看则可，一看真是触目惊心！原来守军的营地卫生极差，肥硕的老鼠到处乱窜，尤其是伙房和茅厕，更是“重灾区”。边军也不讲究个人卫生，房间里从来不打扫，烟尘满屋子乱飞，床铺乱得向狗窝一样。不少边军正光着身子，坐在床铺上用手捉虱子和跳蚤。
而且鼠疫的发病者也不光是那两名中军，山海关中原来的驻军约有一万，其中已经有一百多人出现了腋下瘙痒、高热、咳嗽的症状。
朱由检当机立断，立即严令将这些人全部隔离。众人心里都清楚，不论是什么草药，对付来势凶猛的瘟疫都没什么效果，只有隔离一法。所谓“隔离”，实际上就是任病人自生自灭，虽然残忍了些，但能有效地避免传染，也是没有办法的办法。
接下来朱由检又降下急诏：所有刚刚入城的蓟州、宁远、锦州、大凌河等地的边军和百姓立即出城，在山海关以南找空地扎营。并且尽量每座军帐要尽量离得远一些，扎好营盘后，严禁任何人随意走动，指派专人带口罩送饭。
这道圣旨下来，士卒和老百姓都是叫苦不迭，心想刚刚长途跋涉进入山海关，连气还没喘匀，怎么放着现成的房子不让住，反要到城外的野地扎营？
可是这些天来朱由检与边军一起跋山涉水，已经在边军中竖立起了自己的威信。因此虽然对皇帝的命令无法理解，但众军还是乖乖的出城扎营。
接下来朱由检又命令高第：山海关城内外数万人，有一个算一个，立刻沐浴更衣，而且必须是淋浴，每天一次，连洗七天！
这下高第可犯了难，嗫嚅着禀道：“圣上，若是炎夏，汲上井水即可沐浴，或是直接到河中洗澡亦可。可现在正是春寒料峭，沐浴必须烧热水。如今关内外军民不下十余万，若是这么多人都要沐浴，而且连洗七日，得烧多少热水？不惟麻烦，恐怕储备木柴都不够…”
“那朕不管，你自己去想办法，否则要你这辽东巡抚干什么？”朱由检阴沉着脸道，“没有木柴，就派人去山上砍，实在不行扒些房子，把门窗房梁都劈了烧水！”
见皇帝如此疾言厉色，高第哪敢怠慢，马上亲自出去安排。巡抚府首先在院中架起大锅，点燃劈柴，不多时便把一锅水烧得滚开。
高第自然是要先请朱由检入浴，并且为他准备了大木澡盆。因为朱由检此行并未带宫女随侍，高第还自作聪明地请来赫尔哲服侍朱由检洗澡。
赫尔哲倒是欣然同意，连声催促朱由检赶快脱衣服泡澡。朱由检却哭笑不得地道：“朕不是说了要淋浴么？淋浴不仅省水，更重要的是卫生。而且朕也不要人服侍，难道朕连洗澡都不会么？疫情紧急，咱们抓紧时间在屋子外面排队，一个洗完一个马上接着洗！”
在朱由检的带头下，巡抚府里里外外，上至老头子孙承宗、高第，下至做饭的厨子和杂役，都依次排队淋浴。但有些人却不喜欢洗澡，推三阻四不愿来排队。朱由检听了大怒道：“这些人当洗澡是自己的私事、小事么？传朕的旨意，如有无故一再拒绝洗澡者，军法从事！”