随后，商毅立刻命令看守府库的差役带路，去查看府库中的钱粮物资，同时也命令士兵看管。
因为叛军攻占了杭州之后，抢劫了一批大户的财产，还有从其他地方抢来的物资，也都屯集在杭州。因此也积累了相当一笔巨大财富的钱粮物资，堆积了十个库房，在叛军撤离时，只能带走了一部份贵重物品和黄金，其余物资都来不及销毁，只点燃了其中三个粮库，被商家军进城后及时扑灭，还是抢救出相当一部份粮食。
而在城中发生哄抢动乱的时候，有四个仓库也遭到了哄抢，但大部份被抢走的白银都被收缴回来，并没有遭受多少损失。经过查点之后，这次收复杭州的收获巨大，一共得到了白银八十余万两，米栗九万二千余石，杂粮三万七千余石，面粉一万三千石，丝绸一万余匹，生丝三万余石，缎衣和裘衣二千五百余领。各种器皿五千余件，马七百余匹，其他牲畜一千余头。不过在全部物品登记造册完毕，以经是十余天之后的事情了。
看到这些物资，商毅自然十分高兴，加上早期商家军也积累了大量的钱粮，估计在未来二年内，财政不会出现紧张的局面。
而就在第二天一早，商毅立刻下令，通知全城的百姓，都到府衙门口，看自己处决所抓的叛军。
到了辰时左右，在府衙门口以经聚集了数万百姓，绝大多数，都是死难者的家属，还有不少人把自家死难者的尸体也抬来了，在商家军士兵的组织下，统一停放在作乱叛军的前列。同时商毅也把在之前一战中抓到一万五千多俘虏也带了出来，集中在一起，观看对叛军的处决。而把府衙门口也挤得满满当当。
在城中哄抢的叛军从昨天开始，就被五花大绑，扔在府衙门口，不给吃也不给喝的，一个个又渴又饿。他们中间有一大半都是卫所的士兵军户，许多人心里都十分忐忑，不知道商毅会如何处置自己，当然也有不少人还保着侥幸心理，认为自己本是官兵，这年头武将都在尽力扩大自己的实力，抓到流寇，也多以招降为主，而且法不责众，商毅最多只会处置一些领头的人，不会把自已全杀了。心里还想着如何像商毅求饶，放过自已，同时也准备向商毅投降。
但天亮之后，越来越多的百姓聚集到府衙前，而且都对他们怒目而视，叛兵的心理也都开始有些发毛起来，隐隐知道大事不妙了，不少人的全身都不由自主颤抖起来。
这时府衙大门打开，商毅顶盔贯甲，全副武装，带领着一队商家军的士兵，从府衙里出来，身边跟看周少桓、童大勇、黄震、杨武丞、段鹏诸将，同时还有杭州府里的一干官吏。
见商毅出来了，百姓中间立刻引起一阵骚乱。许多人都哭了起来，还有不少人喊道：“商将军，给我们作主啊！”“我们要报仇。”“杀了他们，给我们报仇啊！”
听到了众百姓的哭喊声，和仇恨的目光，叛兵更是按耐不住，个个脸上发白，以乎也感觉到自己末日来临，很多人瘫倒在地上，而在以前一战中被抓的叛兵虽然在出来之前，以经告诉过他们，这次并不处决他们，只是让他们来看一看，但也有不少人吓得发起抖来。
不过还是有不少叛兵想抓住最后一线机会，有人喊道：“商大人，商将军，饶命啊，我们本来都是卫所的官兵军户，是迫不得己才从了叛军啊！是被逼的呀，不要杀我们啊。”
也有人道：“我家里上有老人，下有儿女，求商将军饶了我吧。”
商毅上前两步，来到叛军的队列前，厉声道：“我今天所追究的，并不是你们投降叛军，造反叛国之罪，而是你们在昨天，残害百姓之罪。从贼作乱，还可以说是形势所逼，迫不得己。但昨天一早，贼首都以经逃出了杭州城，你们就应该在进城静候，等朝廷的大军进城接管，而你们都在城中都干了些什么？难到这也是有人逼你们做的吗？”
他回头指了指停放在地上的死难者尸体，又道：“你们家里都有妻儿老少，那么你们昨天在城中杀烧抢掠，无恶不作的时候，有没有想到过他们，他们家里都有没有妻儿老少呢？”
这话一说，围观的百姓中哭泣的声音更大，有不少人都在喊着：“杀了他们，给我们报仇。” 一开始还是十分零乱的喊叫，但渐渐的，变得整齐而统一起来，汇合成一股巨大的声音：“杀了他们，给我们报仇。”
商毅向着百姓们点了点头，举起双手，示意众人安静，然后又转过身来，道：“你们都听见了没有，不是我心狠，要把你们斩尽杀绝，而是你们所犯的罪行众意难恕，不杀不足以平民之忿。不过我虽然处决你们，但不会祸及你们的妻女家小，只要他们奉公守法，也就不避担心受到诛连。来人，准备行刑。”
从商毅军的队伍中，走出了六百名士兵，三人一组，两人提一人，放在遇难者的尸体前按跪于地，另一人持火枪在叛兵身后站立，将火枪顶在叛兵的后背上。
叛兵也知道死到临头，有人大声惨叫：“我不要死啊。不要死，” 有人拼命挣扎，不过叛兵都被五花大绑，而且又饿了一天，那里挣脱得了。也有人干脆就认了命，跪在那里不动不响，只求一死。
“行刑。”
随着这一声令下，爆豆般的火枪射击声音响起，烟雾腾起。两名抓人的士兵松手，叛军几乎是同时应声倒地。而等一切的声音都停止了，场内各人鸦雀无声，没有人敢稍稍动弹一下。
又过了一会，才有人大声道：“查验行刑结果！”
两名抓人的士兵，立刻弯下腰去察看那些叛军有沒有被打死，还没有断气的人，就给他再补一刺刀，直到死透为止。
围观的百姓中哭声更响，有不少人纷纷跪下, 一边哭着, 一边叫着自己亲人的名字，道：“商将军为你们报仇了。”
火枪射击的声音一阵响过一阵，叛军也以两百人为一组，一轮一轮的被处决。不多时，刑场中己是尸积如山，鲜血味道与硝烟的味道传来。围观的很多人都是大声呕吐起来。
等全部行刑都结束之后，商毅又来到之前被抓的叛军面见，刚才的行刑场面，也给了他们极大的震憾，把这伙叛军也都吓得面无人色，有不少人甚致都尿了一裤了。
商毅道：“刚才的行刑你们都看到了吧。你们沒有参与城中危害百姓的暴行，因此我这次不处决你们。但你们从贼做乱造反，也是罪大恶极，不过你们也都是迫不得己，情有可愿，死罪饶过，活罪不免，以后好好服刑劳役，以赎罪过。谁要是不服管教，偷懒闹乱，这就是你们的下场。”
这些叛军听，这才全都松了一口气。商毅也命士兵将他们都押回去看押。
这时大多数百姓都以经跪倒在地，拜谢商毅为自己报仇。商毅又对众人道：“各位乡亲父老，这段时间以来，你们都深受贼寇所害，想来也受了不少苦难。因此这次动乱之中，家中有死难者，毎人发放二十两白银安葬，有受伤者，每人发放十两白银医治。烧毁的房屋，均由官府出资重建，总之从此以后，你们就又可以重新过上安稳的生活了。”
众百姓听了，对商毅更是感激，于是又是哭声一片，不过这一次是对商毅感激的。
这时商毅又道：“但从此以后，希望你们回家各安生业，尊纪守法，都做安善良民。凡事有呈强凌弱，欺压良善之徒，危险乡里，偷道蒙骗之辈，我也一率予以处决，绝不轻饶，你们可都好自为之吧。”
其实商毅的话说得虽然凶狠，但百姓们却都十分赞同，因为经历了大变动乱之后，人人都希望重新恢复安稳平静的生活，商毅这样做，正是为了尽快恢复秩序。这时在百姓之中，不知是谁首先喊了一声：靑天大老爷。随后其他的百姓们也都纷纷根着喊了起来。
依靠处决叛军的余威，再加上商家军的严格管理，杭州城也迅速的稳定了秩序，渐渐恢复了过去的气像。
而在处决叛军的事情结束之后，商毅立刻写成报捷，给南京的吴甡送去，同时又命驻扎在江宁的商家军四团和预备军，也押送着钱粮物资，到杭州来驻扎。
商毅收复杭州是十月初十，离商毅承诺的一个月內收复杭州，还有六天的时间。而报传到南京的时候，是十月十二日，吴甡接报之后，自然也是十分高兴，一面向北京发去了报捷，一面又下令商毅，命他立刻收复其他州府，彻底平定浙江的叛乱。