当年，东海大学碎尸案发生后，很多人都说薛晓琪死于情杀，是熟人或者室友作案。但是，当年东海警局经过调查，首先排除了寝室作案的可能。
因为，当年东海大学的学生宿舍是八人宿舍，而且宿舍不隔音，随便掉个东西楼上楼下都能听得见。因此，犯罪嫌疑人是不可能在寝室实施作案，这条传言很快就被排除。
但是，也有人认为薛晓琪是被流浪汉，或者是有三轮车的拾荒者杀害的。东海警局也顺着这条线索，将当年东海的流浪汉，拾荒者调查了一遍，最后也没有什么结果。
秦仁杰看了大量案件资料后分析：熟人作案的情况分为两种，一种是交往密切，有隐晦纠葛的熟人。另一种则是打个照面，彼此认识的熟人，或者是同宿舍室友，同学朋友根本不知道的所谓熟人。
薛晓琪也许和认识的某个熟人在某地方不期而遇，然后那个熟人因为某种特殊原因或者黑暗内心，而有计划或者临时起意以某种借口将薛晓琪带走。
薛晓琪有可能和那个熟人打个照面，因此缺少了起码的防备心，也没有想到那个熟人会对她痛下杀手，要了她的命并将尸体肢解抛弃。
案发后，东海警局因为薛晓琪和犯罪嫌疑人的交集很少，因此很难通过受害者找到犯罪嫌疑人，这也是薛晓琪案成为悬案的原因之一。
秦仁杰对流浪汉和拾荒者作案，觉得可能性很少。他分析：薛晓琪性格内向孤僻，她不可能会突然跟一个根本不认识的人走。
但是也不排除这种可能，那就是薛晓琪遭到流浪者和拾荒者的突然袭击，昏迷之后被带走关在某隐秘地点囚禁起来，而后再遭残杀。
可在东海闹区打晕一个女人并带走，不管犯罪嫌疑人用什么交通工具，都会被人发现。可警局在调查过程中，并没有找到目击证人。
秦仁杰分析：薛晓琪被害也有可能是那个打个照面，但又不是很熟悉的那种熟人作的案。
还有一种可能就是：犯罪嫌疑人是跟屠夫，厨师和医生等职业。
秦仁杰在档案中看到：薛晓琪遇害后，尸体碎片刀口整齐，所有碎尸块都接照分类码放整齐。从这种情况分析犯罪嫌疑人要么是心理变态，要么就是跟职业有关。
秦仁杰分析：犯罪嫌疑人很有可能是从事自由职业的个体屠户，因为从薛晓琪被囚到遇害，最后被肢解碎尸抛尸都需要时间和空间。
秦仁杰由此认为犯罪嫌疑人很有可能是在东海做屠宰生意的个体户老板，做生意的个体户老板时间自由，空间自由，并且经济能力和隐蔽性强便于作案。犯罪嫌疑人很有可能在东海独居，而且没有家庭成员。
在薛晓琪悬案重启工作会议上，秦仁杰依据档案资料对案件进行推断和分析，让在座的龙国警署刑侦部专家，东海省警厅刑侦总队长杨深国，东海市警局林刚局长的重视。
林刚局长就是当年侦办悬案的那个刑侦队长，他当年的侦查材科是重启悬案的关键，特别是他在案发现场提取的四百零八根毛发，成了秦仁杰侦查悬案的突破口。
在分析会上，林刚局长说：“我当年在侦查薛晓琪案时，觉得犯罪嫌疑人不是第一次犯罪，这从嫌疑人具有超强反侦察意识，以及熟练的分尸手法推测其有过犯罪经历。”