工部所辖的事务极其繁杂，而且所涉及的钱粮数额也是十分之巨大的，这点朱载坖和重臣们都是很清楚的，所以他们也认为应该加重工部的职权，同时将部分职权从工部的划出，重新成立新的部门来管理，朱载坖认为工部的主要职能应该是建设上来，不管是水利交通还是城市和基础设施建设，都是工部的主要职能。
而其他的职能，则是应该专门设立新的衙署来进行管理，按照朱载坖的这个看法，原来工部的下属部门如之前成立的都水监、交通总署等衙门仍旧予以保留，作为工部本衙的直属机构，同时恢复将作监作为工部本衙的管理机构，将工部原有的负责两京城市建设的街道厅职权予以扩大，负责大明的城市基础设施建设，同时并入将作监中。
按照唐宋之制，将作监的职权范围是很广的，按唐制：“监二人，从三品；少监二人，从四品下。掌土木工匠之政，总左校、右校、中校、甄官等署，百工等监。大明、兴庆、上阳宫，中书、门下、六军仗舍、闲厩，谓之内作；郊庙、城门、省、寺、台、监、十六卫、东宫、王府诸廨，谓之外作。自十月距二月，休冶功；自冬至距九月，休土功。凡治宫庙，太常择日以闻。”
主要是负责宫室的营建和工匠的管理，还有部分军器生产和朝廷官营工场的管理职权，不过这些职权朱载坖不会赋予给将作监，将作监现在的主要职能就是负责基础设施的营建和相关工匠的管理，组织进行大型基础设施的建设，同时审批、监督地方的工程营建等事项。
而工部也就由本衙和将作监、都水监、交通总署构成，负责大明的工程营建和水利、交通、基础设施等建设事项，恢复虞部的建制，原本的虞部是尚书工部的一个下属机关，主要负责山林川泽政令。虞部具体负责全国矿冶开采许可审批，监督伐木、捕猎等自然资源的合理利用。根据《周礼》职官体系传承，其职能包含划定禁猎区时限、管理皇家苑囿植被养护，并协同户部征收山泽税赋。
现在大明的矿冶开采发展速度很快，不仅仅是朝廷所建设的大型厂矿等设施，民间的各种矿冶也在飞速的发展当中，所以朱载坖决定恢复虞部的建制，以虞部负责管理整个大明的官营厂矿和矿冶事务的管理，负责对于民间矿冶开采的管理和审批，同时规划官营大型矿冶工场的建设和管理，在其下设立制造总署，负责管理朝廷的各个官营工场，除了军事工业归军器监管理之外。
由于商业现在的重要性，朱载坖认为应当专门设立机构管理商业，不仅仅是征税，更重要的是制定工商业发展和政策，与外国的商业条约的商定等事务，所以新设商部，下设保惠、平均、通艺、会计四司及司务所，负责大明商业和对外贸易的管理，与榷征总署、海关总署一道管理贸易事务，制定各种有关商业的政策、法令等。
对于吏部和兵部，则相对调整不大，主要是对于内设机构的调整，对于吏部而言，主要的职责就是对于内外文职官吏进行选拔、任用黜陟，其职权是相对稳定的，除内阁大学士、尚书、都御史等官由廷推或奉特旨外，内外百官皆由吏部会同其他高级官员推选或自行推选。设尚书一员，左、右侍郎各一员。
但是为了更好的管理大明日益庞大的官员队伍，将原本的流外铨选院降为流外铨选总署，负责对于中外吏员进行考选，同时成立流内铨选总署，对于官员进行考核、选拔，原有的文选和考功两司也就并入流内铨选总署，两个总署由左右侍郎执掌，直接对吏部尚书负责，同时原来的验封司、稽勋司仍旧不变。
而对于兵部，也一样是要对于内设机构进行调整，以适应兵部本身的职权变化，原本兵部有职方司，现在兵部不再负责军令制定和传达了，所以原本的职方司也予以取消，兵部除了本衙之外，主要的附属机构就是主管马政的太仆寺，主管邮驿的邮政总署和主管军器生产的军器监，这三个部门仍旧归兵部负责管理，这点不变。
但是兵部作为军政机关，还要负责兵员征集、退伍和粮秣军饷的保障等事项，所以在兵部本衙增设动员、薪饷、粮储三司，负责士卒征募和军饷、抚恤、军储粮秣、军器弹药等的储备与转运等事项，成为朝廷货真价实的军政机关。
这样一来，朝廷就形成的新的行政体制，将原本的六部扩充为九部，增加学部、虞部和商部，同时三院体制也予以完成，即都察院、大理院、司农院，九部三院就成为了外廷行政机构的组成部分，而在内廷，除了内侍机构之外，就是六科、翰林院、翰林医官院、文思院、格物院、少府监等衙门，都是直属于皇帝的，并不是外廷行政机构。
这样的话，大明的中枢行政机构就得以简化了，形成内阁和部院两级，内阁是决策机构，而部院则是实务机构，朱载坖决定在内阁下设国务会议，由内阁辅臣、部院堂官参与，皇帝和太子出席，作为解决朝廷大事的协商机构。同时为了对应朝廷的中枢行政机关，地方的行政衙门也要在这个基础上予以调整，由吏部组织各部院和地方沟通，确定好重组和新设立的部门的方案，上报御批之后实施。
而在解决了行政问题之后，军务就是朱载坖下一个要处理的问题的，之前朱载坖通过设立练兵军务处的办法，剥夺了内阁的军事权力，同时将兵部改组为了军政机关，剥夺了兵部的军令权力，现在要思考的是军令机关的改组了。对于此事，朱载坖没有第一时间作出决定，而是先等待行政机构运转起来之后再处理此事。