故事也由此慢慢展开。
椿和湫决定把大鱼送往海天交界之处，既能让它自由生长，对神界的影响也会降到最低。却被村民当作他们要带着大鱼逃跑，于是给鼠婆解开了封印，让她带路去寻大鱼。
等到他们要攻击这条大鱼时，湫站出来大声阻止：“不能杀鱼，灵婆已经把椿的命和这条鱼连在了一起！”
村长后土这才意识到整件事的来龙去脉，他们都被灵婆和鼠婆算计了。
八百年前，灵婆同样逆天而行，救了鼠婆。只是从此之后，他和鼠婆一个在如升楼上，一个在地底深渊，永世不得相见。
——直到椿吹起来自人间的陶笛，让他看到了能带鼠婆回到人间的希望。
他们现在已经得到了陶笛作为信物，解开了鼠婆不见阳光的封印，只差最后一步，打开海天之门。但这同样也是椿的最后一丝希望，她的生命早已和鲲的灵魂连在了一起，只有让她和大鱼一起前往人间，才能获得一线生机。
后土叹了一口气，面对椿和湫交代，让他们拦截鼠婆，同时让椿和那条大鱼尽快通过海天之门去往人间，此后永不相见。
“但鲲已经没有人间的信物了。”椿有些犹豫，她不知道大鱼是否能做到这件事。
“它本就是人，自然会找到前往人间的路。”
听了后土爷爷的回答，椿点了点头，在所有人不舍的注视之下，温柔地放出了大鱼，最后看了看湫，眼中带泪。
湫却只是对她微笑，摸了摸大鱼。接过奶奶递来的手杖，亲自为他们打开这道门送行。
大鱼也明白了她的意思，用身体去撞着半成的海天之门，因为失去了人间信物，它撞击得格外艰难，遍体鳞伤，直到化为飞鸟，不再受到规则的束缚。
海天之门打开，洪水倒灌，妖物作怪，等待已久的鼠婆也大笑着想要前往人间。
“快走！”
在后土的催促下，早已化为鸟的鲲带着椿飞向天际，湫仍在努力维持着海天之门，祝融、赤松子等长于战斗的神兽追击着鼠婆，而其他村民们努力控制着倾泻而来洪水。
椿坐在鹏背上回头，却只能看到无穷无尽的海水和被毁的家园，泪水终于流了下来。
在湫觉醒的天神之力与所有村民的合力之下，洪水被控制，荒废的家园重新复苏，奶奶化作的凤凰绕着爷爷变化的海棠花飞舞，雨水落下，花叶生长，嫘祖重新织出雨后的阳光与彩虹，温柔的风吹过树叶发出沙沙声。
椿的父母一边帮忙一边也在暗自神伤，祝愿自己的女儿在人间安好。
在村庄的众人为了劫后余生举办了庆祝晚宴时，湫独自一人，静悄悄地前往了如升楼。
这一段剧情的背景音乐林夏用了纯音乐《风居住的街道》。
轻柔的钢琴声响起，像是温柔的风吹过，抚慰着所有人的内心。而二胡的声音愁思不断，温柔而又哀伤，像是最后的告别与不舍。
两种乐器缠绵在一起，一个声音空灵，一个如泣如诉，就这样交错着，像是海天相接却又永不重叠。
……
故事到最后，他们回到人间，鲲看着嫘祖织出的一轮满月，和妹妹讲述着他奇妙的梦境。
而红色的小鱼却一个摆尾，趁着夜色悄无声息地游开了，荡起一圈圈的涟漪。
她已经还清了欠鲲的，却因要救他又欠下了太多。
日升月落，冬去春来，岸边的房屋也从茅草屋变成了木屋，最后变成了高楼，唯一不变的是那尾红色的小鱼仍然在游着。
她要留在人间追寻鼠婆的踪迹和她带来的灾厄，哪怕终其一生，她也要追寻到底。
钢琴再次响起，这次是片尾曲《大鱼》，陆然空灵的声音开始诉说着这个故事。
“海浪无声将夜幕深深淹没，漫过天空尽头的角落。”
屏幕上也回放着一系列的镜头，椿和鲲的相遇，他们和大鱼的玩闹，椿背着中毒的鲲走着，直到最后大鱼化鸟，振翅高飞。
“大鱼的翅膀，已经太辽阔，我松开时间的绳索……”
画面陷入黑暗，但几乎没有观众离场，有的观众想看看有没有彩蛋，有的单纯只是想听完这首歌。
果然，屏幕再次亮起，新的画面出现，是湫跟踪着偷溜出来的椿到了灵婆面前，灵婆标志性的声音出现：
“寿命可不能凭空生成，它只能转移。”
“这次涨价了，我要让你用一整条命来换。”
“你们这些小家伙，对待生命就像路边的一块石头。”
“……记住你的承诺。”
画面一转，只是这次不是灵婆，而是湫，独自守在如升楼，在窗边日复一日地等着那尾记忆中红色小鱼。
自从她走之后，窗外的海棠花再也没有了香气。
他想象着，如果有一天，那条额头上有着海棠花印的小鱼再次回到如升楼时，这一次轮到他来问那一句：
“人间的世界好玩吗？”
“怕你飞远去，怕你离我而去，更怕你永远停留在这里……”
“每一滴泪水，都向你流淌去，倒流回最初的相遇……”
歌声再次响起，但这首歌究竟唱的是谁呢？
陈楚悦现在有些拿不准了，刚看到动画短片的时候，大家都认为这首歌是以椿的视角在唱大鱼，但这首歌放在彩蛋的剧情来看，唱湫和椿也是可以的。
友情？爱情？还是一种报恩与亏欠的轮回？
电影并没有明说，这首歌唱的既是椿和大鱼，也是湫和椿之间微妙懵懂的感情。
一个留在如升楼守望，一个去往人间追寻，等待着下一个漫长轮回的相遇和重逢。
陈楚悦觉得很有趣，这部片子明明无论是名字还是开头，都用了《逍遥游》里的词句，但偏偏整部电影的剧情完全相反。
写作“逍遥”，读作“宿命”，整个片子都找不到一个真正的逍遥之人，从主角到灵婆鼠婆，他们都被困住了。
甚至是自己心甘情愿地选择成为命运的奴隶。
……
对于《北冥有鱼》这部电影，林夏没有做太多改动，还是沿用了原本的故事架构，但唯一的内核却变了，从忠于本心的自由变成了甘愿被命运困住的不自由。
庄子在妻子去世之后鼓盆而歌，他认为死生本是一体，应该顺应自然，她只是回到了最初的本源，但大多数人无法理解这种境界，甚至会觉得他很冷漠。
但如果他真能忘情，只需要平静面对这件事即可，又何必非要大费周章地高歌？
同样，如果他对于生死真的看得这样开，惠子死后，又为何整日闭目不言？
一死生为虚诞，齐彭殇为妄作，这才是华夏人真实的想法。
没有人能无凭无依地逍遥游，即使是神仙也是如此。
我闻神仙亦有死，天若有情天亦老。华夏的神仙，大多也会被赋予一半去不掉的人格，有自己的执念。
从这个角度来看，《北冥有鱼》虽然开篇就讲《逍遥游》，但其实是一部内核完全相反的电影。
恰恰强调了属于“人”的那一面执着，而这才是华夏人骨子里的浪漫。