上古时期，神魔大战，魔族屡战屡败，经弱水逃往阿修罗界，此处是恶灵生存之所，天神不能进入，魔族得以在此生存。随着时间的推移，天庭三次易主。到了苍天上帝在位时期，由于天神的内讧，给了邪魔可趁之机。世人受到了邪神沙旦的蛊惑，变的自私贪婪，人与人之间尔虞我诈，部落之间互相杀伐，妖魔鬼怪出没伤人，大地上到处腥风血雨。
时有预言神兽重现人间，告诫世人，说三界将有一场前所未有的浩劫，众众生在劫难逃。早有日夜游神报上天庭，苍天上帝为了教化世人，战胜邪魔，于是派太昊、女娲转世人间，希望他们能统一天下，合神人之力对抗浩劫。水神共工不希望天下统一，因为他害怕人类过于强大，会与海界分庭抗礼，于是把二圣转世的天机泄露了出去。
二圣转世的时候，天下正是部落混战的时代。各部落经过长期的混战，风兖部落在中原崛起，首领名叫做风允婼，是个年轻的英雄。风允婼的妻子名叫华胥，他们成亲半年后，华胥已经身怀六甲。在一次外出的时候，风允婼被自己的亲兄弟出卖，死于部落的仇杀。风允婼死后，华胥遭到新首领和巫师的迫害，险些被害死。后来华胥辗转回到了娘家仇维氏部落，结果她的哥哥华阳害怕她与自己争位，也容不下华胥。到了华胥的父亲一死，华阳继位，华胥被赶出了部落，独居山洞之中，在此生下一个儿子，取名为伏牺。
华阳在与异族的战斗中阵亡，他的妻子自尽，留下了一个女儿。华胥临危受命，被族人拥立为新首领，收养了亡兄留下的遗孤，起名为里牺。仇维氏在华胥的带领下，由成纪迁徙到蓝田，再由蓝田迁徙到中原，为了纪念亡兄，把部落的驻地起名为华阳。伏牺正是太昊转世，里牺正是女娲转世，他们在腥风血雨中诞生，肩负着神圣的使命。他们出生之后，遭到了海界、阿修罗界、仇人的共同追杀，好在吉人自有天相，屡次化险为夷，后来拜无化尊者为师。
无化尊者为了把文字传到人间，派伏牺兄妹去太极山去河图洛书，他们图中遇到了仙都宫的素女，素女对伏牺一见钟情，于是结伴同行。他们一路大战神魔，经过重重磨难，终于取到了河图洛书，不仅发明了文字，还研制了八卦之术。素女因沾染尘事被师门制止，但是他深爱伏牺，于是逃了出来，又回到伏牺的身边。
伏牺统一天下之后，建立了皇雄氏王朝，准备立素女为王后。素女正在梳妆的时候，突然昏迷不醒。伏牺和里牺为了救素女，亲自到冥界找冥王，结果得知他们并不是亲兄妹。原来，伏牺的姻缘是天命所定，他与里牺才是天作之合。二圣的知真相后，于是顺应天命，结为夫妻。
海皇共工发难，准备水淹大地，二圣联合大地诸神，最终击败了共工。随着浩劫的来临，二圣补天治地而亡，他们的儿子风咸为了完成他们遗愿，协助天庭封印了阿修罗界。