上古时期，神魔大战，魔族屡战屡败，经弱水逃往阿修罗界，此处乃恶灵生存之所，又有剧毒无比的弱水为屏，天神无法进入，魔族得以在此安身。苍天上帝在位后期，天神因权力之争发生了内讧，分为三派势力，分别以丹俊、玉坚、共工为首，诸神貌合神离，彼此明争暗斗。如此一来，正好给了下界的妖魔可趁之机，洞庭湖女妖修蛇反叛天庭，统一了南方的妖族，阿修罗界的魔族也伺机反扑，准备重返人间。苍天上帝正为此事烦恼，岂料一波未平一波又起。世人受到邪神沙旦的蛊惑，背离了天道，变的自私贪婪，人与人之间尔虞我诈，部落之间互相杀伐，妖魔鬼怪出没伤人，大地上到处腥风血雨。
时有预言神兽重现人，告诫世人，三界将会面临一场巨大的浩劫，众生在劫难逃。预言在人间传开，引起了很大轰动。早有日、夜游神报上天庭，苍天上帝与众神商议，欲阻止浩劫。由于神和人合力开创了天地，也只有神和人合力才能挽救天地，苍天上帝于是派东皇太昊和地母女娲转世人间，希望他们将来统一天下，教化世人，然后合人、人之力阻止浩劫。水神共工不希望天下统一，因为他怕人类过于强大，会跟海界分庭抗礼，于是暗中泄露了天机。太昊转世为风伏牺，他的父亲叫风允婼，是风兖部落的首领，母亲是华胥。伏牺还未出生之前，风允婼在部落的仇杀中被谋害，风允婼的弟弟风明当上首领后，垂涎于华胥的美色，逼迫华胥改嫁于他，华胥誓死不从。然而，巫师的女儿雀鸣喜欢风明，对华胥又嫉又恨，屡次陷害华胥。巫师利用神权公报私仇，把部落的灾难归咎于华胥。风明野心勃勃，一心想统一天下，他本来想保护华胥，可是当他得知华胥肚里的孩子是未来的天下共主时，怕他将来与自己争夺天下，于是便想斩草除根。巫师宣判了华胥火刑，眼看华胥第二天就会被烧死，就在当天夜里，庸成氏的军队偷袭罗奉，阴差阳错的救了华胥。庸成氏的首领是天下共主，见华胥可怜，派人把她送回了娘家部落。
由于华胥受到仇维氏部众的拥戴，其父虘趘准备传位于华胥，遭到其兄华阳的反对。后来华阳继承了首领之位，把华胥赶出了部落，华胥再次独居山洞。华阳屡次派人谋害其妹，好在华胥吉人自有天相，每次都能逢凶化吉，并且在山洞里生下了一个儿子，取名为伏牺。后来申弥氏偷袭成纪，华阳战死，部落里的精壮男子全部阵亡了，只剩下老弱妇孺，华阳之妻自尽而亡，留下一个女婴，正是女娲转世。华胥临危受命，成了新首领，收养了亡嫂留下的遗孤，取名为云里牺。如此一来，伏牺和里牺便成了兄妹。华胥率领部族东迁，开辟了新的家园。
阿修罗界的魔族伺机重返人间，主宰大地，与天神分庭抗礼，魔头波旬得知救世主降生人间，派魔鬼到处追杀伏牺兄妹。伏牺兄妹从小就异于常人，智慧过人，但是阿修罗界的波旬，海界的共工，风兖部落的风明，他们都想置伏牺兄妹于死地，伏牺从小就遭到神、魔、人的共同追杀。好在伏牺兄妹吉人自有天相，屡次化险为夷，后来拜太上教主为师，在独秀山修成金身正果。由于伏牺、里牺降妖伏魔，造福众生，所以被世人称为二圣。太上教主为了把文字、八卦传到人间，派二圣去太极山取河图洛书，途中结识了碧霞仙子，一并结伴而行。三仙一路闯关，同甘共苦，力战神魔，救苦救难，历经千辛万苦，总算取到了河图洛书。碧霞深爱伏牺，可惜伏牺的姻缘是天命所定，因此遭到师门的反对。
伏牺创造文字，制定八卦，以此造福众生，最终统一了天下。碧霞不顾师门反对，与伏牺相爱，因此遭到了天谴，就在她与伏牺成亲的当天，突然昏倒不醒。二圣得知身世，因天命不可违，于是结为夫妻。海界与人类的战争终究未能幸免，水神共工向二圣发难，准备水淹大地，二圣合五岳、大地诸神之力，终于击败了共工。玄天上帝继位之后，随着浩劫的来临，天塌地陷，造成了洪荒之灾。二圣炼石土，女娲补天，太昊治地，虽然制止了洪荒之灾，然而由于天柱的倒塌，天界失去了平衡。伏牺为了挽救三界众生，化为支天之柱，为人类献出了高贵的生命。三十年之后，随着归墟的沉沦，四海频临干涸，人类大祸临头，里牺化为镇海之石填补归墟，也献出了高贵的生命。碧霞仙子醒来之际，早已物是人非。二圣死后，他们的儿子风咸为了完成父母的遗愿，协助天庭讨伐魔族，并且最终封印了阿修罗界，从此人间太平。