神盾军舰‘禾穗’号依旧行驶在日本海的舞鹤湾海域，舰船上对于之前在注排水网上吸附住的断臂已经有了结论。
这只手臂的主人是海上保安厅自卫队的笹浦一等海尉，而死者笹浦海尉的死亡时间是今天早晨的四点到六点之间。根据验尸结果，笹浦海尉是被溺死的。
根据舰上乘客所说，注排水系统发生奇怪声音的时候，应该就是笹浦海尉的遗体被滤网切断手臂的时候。那么说明死者在神盾舰离开舞鹤湾的时候就已经在舰船附近了。
再加上笹浦也是神盾舰的组员之一，那么他很可能是在神盾舰上先是和某人发生了争执，然后被凶手推进了海里溺死。
之后在神盾舰启航的时候，注排水装置又把尸体给吸住了，之后在航行过程中切断了手臂，致使尸体又飘去了若狭湾港口。
但柯南和服部平次却对这个推论保持怀疑态度，因为舰长表示这一次的航行，没有排笹浦海尉的行程，那他为什么会上船呢？
而原本要去找自卫官藤井七海查看那只乘客丢失的手机的服部平次却发现这位藤井小姐行为异常。
她一个人登上了最上层甲板，那里是神盾舰舰长的办公室。服部平次小心翼翼的跟踪在后面，看来工藤怀疑的果然没错，这位自卫官小姐还真是很可疑。
一直跟着警方这边的柯南接到了大泷警部抽空打回来的电话，他告诉柯南，他们要调查的那个女自卫官根本查不到隶属单位。
“查不到隶属单位？”柯南瞥了一眼正在讨论案件的警察们，“大泷警部，是什么样的情况会查不到隶属单位？”
大泷警部语气很严肃的回道：“大概是对方的保密级别很高又或者……她的身份根本就是假的。”
假的？难道是舰长说的那个混进来的x？柯南先是猜测，但又转而想，也可能对方另有身份。
柯南决定先去找服部平次，否则如果那个女自卫官真的是x，那服部就有危险了。柯南在高木身上留下一个纽扣窃听器后就赶着去找服部平次。
跑过拐角的时候，却和一个人差点撞上。柯南定睛一看，是之前在cIc指挥室落单，之后在甲板上没人管的那个小孩。
“对……对不起。”勇气道了声歉后，马上就要离开，柯南却叫住他，“等等！之前就看到你好几次都是一个人，你身边没有大人吗？”
勇气抿着嘴，一副不愿意回答的样子。柯南早觉得这父子俩很奇怪了。他还想再问，可勇气转身就跑。
柯南连忙去追，没想到对方跑的飞快，他追到尽头没看见人。正叹气打算放弃时，又听见了勇气的声音。
“我已经按照你说的做了，这样就能救爸爸了是吗？”柯南只看见勇气在拐角和别人说话，但是却没看见人，也没有听见那个人回答。
救爸爸？那个男人果然不是他爸爸！柯南下意识认为，勇气对话的人就是之前那个戴眼镜的男人。
柯南的大脑飞速的转动，演习时的意外、冒牌的父子、救爸爸、在cIc指挥室失踪的男人……柯南的眼镜片瞬间反光。
原来x不是那位自卫官小姐，而是那个伪装成别人爸爸的家伙。那么当时对方失踪的时间里，很可能就是去了舰船上的某个涉密舰舱窃取军事情报！
那既然如此，那位自卫官小姐呢？她又扮演的是什么角色？
柯南决定，先把这个消息通知其他人。然而在柯南没有去查看的拐角处，和勇气说话的人并不是他以为的间谍x，而是江浸。
江浸听到柯南离开的声音，便知道自己的计划八成是成功了。他根据剧情推测柯南应该早就注意到了带着勇气的x。他只需要说一些模棱两可，足够具有引导性的话，就很容易让柯南联想到x有问题。
在结合柯南刨根问底的性格，只要他遇见了x，那么必然会直接揭穿对方的身份和阴谋。那时候x就会相信他之前所说的话，对柯南的杀心会从被迫威胁转变为心甘情愿的杀人灭口。
“勇气，我们走吧。”江浸伸出手，牵着勇气离开。
一切都在按照剧情里的大致走向发展，服部平次在舰长室堵住了藤井七海并叫来了舰长和调查组的众位警察们。
迫不得已之下，藤井七海暴露了自己身份，她是内阁防卫省的情报保全队员，因为察觉到x的行动，所以才会登上神盾舰‘禾穗’号前来调查。
“那么藤井一佐你之前捡到的乘客的手机是？”服部平次没有忘记他的原本的目的。
“那并不是乘客的手机，而是笹浦海尉的手机。”藤井七海解释道，“因为我在上面发现了他向外发送神盾舰的情报，所以才会拒绝提供手机给你。”
后来到舰上的京都府的绫小路警官道：“所以，这就是之前关口一尉你审讯笹浦海尉的理由是吗？”
姓关口的自卫官看了一眼藤井七海，最终还是道：“没错……海上自卫队若狭基地先前曾经发生神盾舰资料外泄事件，而这起事件藤井一佐曾指派我进行调查。”
“那么他把神盾舰的资料都外流给谁了？”服部平次追问。
藤井七海回答：“有一名叫做竹川的男子担任代表人，负责一个几年前早就已经停止营业的征信社。这间公司被这个自称竹川的人买走进行间谍活动，这个伎俩在日本是很常见的手法。”
很显然这位笹浦海尉就是将情报泄露给了这个叫竹川的间谍，然后不知道怎么回事却死掉了。
“当我们查出这件事的隔天，就接获海上保安厅在舞鹤港附近发现可疑船只的消息。神盾舰停泊在舞鹤港附近，如此这怎么想都不可能是巧合。”
所以藤井七海推测跟竹川同样国籍的间谍现x很可能会借着笹浦海尉的掩护潜入这艘舰内窃取资料。这也是她会出现在神盾舰内的原因。
而就在众人还在推测间谍x的行动的时候，柯南已经在路上和x遇见了。
“小弟弟，我刚刚才听自卫官们说，不要停留在甲板上呢。”x面对柯南，眼底露出些许凶光，“我带你离开这里吧。”