小智一行人经历了很多事情，现在他们旅途劳累，来到一个小山村寻找食物，然而，这里的面包店、蔬菜店通通是空的。原来，这个村庄的河道干涸，使得农作物都没有收成，堵住水流的罪魁祸首之一，便是熟睡的卡比兽。
用了很多方法都没办法将卡比兽弄醒。
这个时候武藏出了主意。
武藏想起了小时候看的童话故事，有一章就是讲睡美人的，王子的吻能使沉睡的美女清醒。如果卡比兽是睡美人的话，就用王子宝可梦的吻将它唤醒吧。
小刚想到了小霞的墨海马，小智也觉得它的嘴巴的确很像。虽然在没水的地方，小霞不太乐意叫出最爱的墨海马，但没办法，为了叫醒卡比兽，只要叫这位王子出马。
墨海马是没叫出来，倒是有个自恋的哥达鸭私自跑出来，马上给了卡比兽深情一吻，然而什么事情都没有发生！
另外，火箭队派出的是盛装的喵喵，它的吻，让卡比兽像是中毒、做了噩梦一样，非常痛苦！
【希巴：哈哈，喵喵是不是吃了什么不该吃的东西，连卡比兽都顶不住！】
【小刚：有可能，卡比兽可是很能吃的，吃过很多东西的，这样都顶不住喵喵的吻！】
【喵喵：都怪武藏跟小次郎，还有你们笑什么，小心我让你们尝尝疯狂乱抓。】
众人看着小智一行人的旅途，既温馨又有趣。
跟火箭队之间的打闹还是很搞笑的。
最后小智一行人找到方法将卡比兽弄醒。
补充了物资后，小智一行人重新踏上了旅途，解决了一些事，来到了一个嘉年华节，而他们也打算称嘉年华节举办的这段时间里放松一下。
他们遇到了魔术师马健，但他的表演又失败，被老板赶了出去。
而本来打算帮助马健的小智，受到了马健的蛋蛋的催眠术的缘故而开始服从马健的命令，马健看到有机可乘，于是偷偷带着小智前往椰蛋森林，让小智打败椰蛋树然后自己收服椰蛋树，并打算用椰蛋树集体催眠嘉年华会的人。
最后椰蛋树集体中了自己的催眠术，对市区造成了很大的破坏，为了阻止椰蛋树被炸弹给炸受伤，在小智的小火龙的帮助下终于没有酿成大灾祸。
另外，小火龙进化成了火恐龙。
小智当时看到小火龙进化了特别的开心，就去抱它，结果进化成过恐龙之后和之前的性情完全不同了，小智一抱它，它直接给小智喷了一脸火。
【御龙渡：不是，这个人的魔术连火箭队都比不上，居然搞这些旁门左道，差点就酿成大祸。】
【希巴：你知道的，我很少站在火箭队那边的，这个马健还利用单纯小智，还好后面没有造成更大的损失。】
......
小智一行人来到了被称为不夜城的霓虹镇，遇到了一只很可爱的胖丁，并且通过胖丁的声音将城镇的居民都给弄睡着了！
后面，小智一行人来到了有着化石挖掘以及发现出名的大傻谷，并且遇到了自己的宿敌小茂。
原来小茂也来到这个地方挖掘化石，听闻这里有化石出现，所以小智一行人也加入了化石挖掘的队伍，不过在挖掘化石的途中火箭队三人组又又又出来捣乱了，因为炸药引爆的关系，小智跟火箭队一起跌落到了地穴底下。
在地穴中，小智以及火箭队三人组遇到了在洞穴里沉眠而苏醒的化石宝可梦，分别是化石盔、镰刀盔以及菊石兽和多刺菊石兽。
它们都是被认为已经绝种的宝可梦，却再次被发现，而为了自保，小智一行人跟镰刀盔它们进行了决斗，但是依然无法跟化石宝可梦们势均力敌，就在不知道怎么办的时候，镰刀盔们突然觉得有危险而离开，小智和火箭队遇到了更危险的化石宝可梦——化石翼龙。
为了对付化石翼龙，小智派出了火恐龙跟化石翼龙进行对战，但是还是不敌化石翼龙，在被化石翼龙的追赶中，地穴的洞随之被炸开，而小智也正好被化石翼龙抓住。
而火恐龙以及皮卡丘这个时候也抓住了化石翼龙的尾巴逃离了地位，到了地面上的化石翼龙还不忘嘲讽火恐龙，而经不起嘲讽的火恐龙也就在这个时候被化石翼龙气到进化。
后面因为胖丁唱歌的原因，化石翼龙睡着重新掉落进了地穴，地穴被重新封了起来，而小智则跌落到了喷火龙的背上，正好平安无事。
......
【小智：我的喷火龙就是从这里开始不听我的话！】
【艾岚：那是因为小火龙进化了，等级实力都自身等级都提升到了一个高阶段，而这个时候的你还只是一个没怎么历练的新手，所以火恐龙不怎么搭理你。到进化成了喷火龙，喷火龙还是不会听你的话，它跟化石翼龙打不打都只是看它自己的心情而已。】
【御龙渡：大概是这样的！】
【小刚：要是喷火龙肯听话，小智就不会止步石英大会十六强吧。】
【小智：没事，现在喷火龙很听话！】
......
轮到黑光幕播放。
黑小智一行人也正好来到了浅红道馆。
“这个房子很传统诶！”
小霞看向四周静悄悄的。
小智忽而看向隐藏在树上的毛球，想了想，还是先进道馆。
“小心点，里面很多陷阱！”
说到陷阱，小霞躲在小智身后，抓着小智的肩膀。
“难道是道馆的测试？是想我们通过了陷阱之后才能挑战道馆？”
小刚推测道。
“大概率是。”
毛球走过来吸引小智他们。
他们也还是跟了上去。
不过黑小智可没有像白小智那样遭遇到那么多陷阱。
有了波导之力的加成，黑小智提前知道浅红道馆设置陷阱的位置，没有触发过一次陷阱。
甚至还找到了阿雅隐藏的位置。