在持续的深入研究与信息交流中，林宇和晓妍终于在一次偶然的对比分析中发现了异常线索。
他们将林宇权限操作记录中的数据波动情况与晓妍整理的历史重大事件时间轴放在一起研究时，注意到在几个特定的历史节点上，程序世界的数据出现了极为强烈且不合常规的波动。例如，在中世纪欧洲黑死病爆发前夕，程序数据有一系列复杂而密集的变动，这些变动似乎与当时社会结构、人口迁徙以及人们的思想观念转变有着微妙的联系。黑死病在短时间内席卷欧洲大陆，造成了大量人口死亡，但从程序世界的视角来看，这场灾难背后的数据波动像是被精心设计和引导的，并非单纯的自然事件所引发的随机数据变化。
另外，在近代物理学革命时期，当爱因斯坦提出相对论的前后时段，程序数据再次出现了长时间的异常震荡。相对论的出现颠覆了传统的时空观念，而与之对应的程序数据波动显示出对人类科学认知突破的一种深度响应与调整，仿佛程序世界在背后推动着人类科学思想跨越到一个新的维度，这种数据的异常变动远超普通科学发现所带来的影响范畴。
这些异常线索就像隐藏在重重迷雾中的微弱火光，虽然还不能完全照亮他们前行的道路，但却为他们指明了一个全新的探索方向。
林宇和晓妍深知这些异常线索的重要性，决定对其进行全方位的深入研究。
他们首先从黑死病时期入手，广泛搜集当时的历史、文化、医学、社会等多方面的资料。林宇利用权限尝试深入挖掘当时程序数据波动所涉及的具体代码模块，尽管每次深入探索都会消耗他不少精力，但他依然咬牙坚持。晓妍则在一旁仔细分析从历史资料中梳理出的事件脉络，试图找出与程序数据波动相匹配的现实世界变化因素。
他们推测，黑死病的爆发可能是程序世界为了达成某种宏观目的而进行的一次大规模社会结构调整与人类思想变革的触发事件。也许是为了淘汰旧的社会秩序，为新的文明发展模式腾出空间，又或者是为了测试人类在极端灾难下的生存能力与适应性，从而收集相关数据用于程序的优化与升级。
对于近代物理学革命时期的异常数据波动，他们深入研究相对论的理论体系及其对后续科学发展的深远影响。林宇通过特殊权限查看与科学发现相关的程序分支，发现每当人类科学认知有重大突破时，程序都会对相关知识体系的传播、应用以及人类对科学探索的热情与方向进行一系列复杂的引导性操作。这表明程序世界并非只是简单地记录人类历史与现实，而是在积极地塑造和推动人类文明沿着特定的轨迹发展。
在研究过程中，他们还发现这些异常数据波动之间似乎存在着某种隐藏的联系与周期性规律。这一发现让他们意识到，整个程序世界的运行可能是一个巨大而精密的有机整体，各个历史时期的重大事件与程序数据波动都是这个整体中相互关联、相互影响的组成部分，而他们目前所看到的仅仅是冰山一角。