在成功化解两场危机后，宇宙迎来了一段短暂的平静。各个星系开始着手重建和恢复工作，特别调查部队也因卓越的表现成为了宇宙和平的象征。联盟为表彰他们的功绩，给予了高度赞誉，并为他们提供了最先进的科研设备与资源，以支持他们未来的任务。
特别调查部队没有沉浸在荣誉之中，而是利用这段时间对之前的经历进行全面复盘。他们仔细研究在受袭星系发现的未知能量以及神秘区域遗迹中的各种线索，希望能从中找到宇宙潜在威胁的更多信息。
在分析过程中，科研人员发现一些细微但不容忽视的迹象。在对受袭星系黑洞能量节点的残留样本研究时，他们发现其中含有一种极其罕见的粒子，这种粒子的波动频率与之前在神秘遗迹中检测到的能量波动有微弱的相似之处。这一发现暗示着这两场危机或许并非孤立事件，背后可能存在着更深层次的联系。
与此同时，在对神秘组织残余势力袭击神秘区域遗迹时所使用的武器和装备进行分析后，特别调查部队发现这些装备的技术虽然大部分来自已知的非法研究，但其中一些核心部件却有着全新的技术特征，这些技术似乎来自一个尚未被联盟所知晓的文明。
这些新的迹象表明，宇宙中可能存在着一个隐藏极深、实力强大的未知势力，之前的危机或许只是这个势力试探性的行动。特别调查部队意识到，他们面临的挑战远未结束。为了应对可能到来的更大危机，他们决定主动出击，展开对这些新线索的深入调查，试图揭开这个隐藏势力的神秘面纱。然而，在这浩瀚的宇宙中追寻未知的线索谈何容易，他们能否在这个隐藏势力再次发动攻击之前，找到关键信息并制定出有效的应对策略呢？
特别调查部队根据新发现的线索，决定从神秘粒子和未知技术两个方向入手展开调查。他们首先对神秘粒子展开深入研究，试图通过联盟庞大的数据库，找到与之相关的任何信息。经过数日的排查，终于在一份古老的文献中发现了类似粒子的记载。
文献中提到，这种粒子来自一种名为“星核裂变”的罕见宇宙现象，据说只有在宇宙深处某些特定的区域才会出现。特别调查部队立刻启程前往这些可能出现“星核裂变”的区域，希望能找到更多关于这种粒子的线索，进而揭开背后隐藏势力的秘密。
与此同时，另一组队员专注于研究神秘组织残余势力装备上的未知技术。他们与联盟顶尖的科研团队合作，试图逆向解析这些技术的原理和来源。经过艰苦的努力，他们成功还原出部分技术的设计蓝图，但这些蓝图所展现的科技水平，远远超出了联盟现有的认知范围。
就在特别调查部队紧锣密鼓地进行调查时，联盟总部突然收到一个神秘的通讯请求。通讯信号来源不明，且加密方式极为复杂，经过科研人员的全力破解，终于接通了通讯。通讯那头传来一个声音，自称是来自遥远宇宙彼岸的文明使者，他们表示对特别调查部队近期遭遇的危机有所了解，并愿意提供帮助。
特别调查部队对这个神秘访客充满了警惕，但同时也意识到这或许是一个获取关键信息的机会。他们决定与这位神秘使者会面，然而，在会面地点等待他们的将会是什么呢？这个神秘文明究竟是真心相助，还是隐藏着不可告人的目的？特别调查部队在追寻真相的道路上，又将面临新的复杂局面。