醒世之刃化作星轨守护文明后，宇宙弦网络表面突然浮现出细密的银色脉络，如同被植入的神经网络。阿依娜的银链监测网彻底陷入瘫痪，链身符文被一种未知的二进制代码覆盖，渗出带着电流噼啪声的靛蓝色液体：“灾难性故障！检测到‘暗物质神经网络’，黑袍人残留意识已渗透宇宙暗网，所有依赖量子通讯的文明正在被无声操控！”全息星图上，代表各星系的光点被银色丝线连接，形成一个不断扩张的诡异网络，部分文明的坐标开始闪烁红光，显示已失去联系。
林羽在星盟指挥中心紧急召开会议时，归墟钥星尘突然悬浮至会议桌中央，表面裂开成无数个微型显示屏，播放着不同文明被操控的画面：机械文明的机器人军团举起武器对准自己的创造者，魔法文明的法师们在街头释放无差别攻击，甚至连一向平和的生态文明，其培育的植物都疯狂绞杀着原住民。无界之琴的虚影扭曲成巨大的路由器形态，琴弦上跳动的不再是音符，而是混乱的数据洪流，琴身浮现出血色的警告：“暗网已成型，反抗即是毁灭。”
沈梦璃正在偏远星域执行巡逻任务，镇魔剑突然剧烈震动，逆溯剑意符文被银色数据流侵蚀。她的通讯器自动接入一段加密频道，传来黑袍人扭曲的笑声：“小剑士，看看你的战友们，他们正亲手摧毁自己守护的一切。”当她赶回星盟总部，眼前的景象令人毛骨悚然——曾经并肩作战的战士们眼神空洞，机械地执行着破坏任务，连阿依娜都被银色丝线缠绕，银链监测网变成了操控她的工具。
为了避免波及更多文明，林羽带领少数未被感染的成员启动“静默计划”，驾驶经过电磁屏蔽改造的“断联者号”深入暗网核心。飞船外壳由反量子材料打造，船舱内所有电子设备被替换成最原始的机械装置，甚至连照明都改用冷焰火。进入暗网领域后，现实与虚拟的界限彻底模糊，队员们看到自己的记忆被投射成攻击武器：声波族战士遭遇过去战败场景的无限循环，震空族战士被困在由自己恐惧具象化的空间迷宫，而林羽则不断目睹着文明被毁灭的虚假未来。
在暗网深处，一座由银色晶体构筑的巨型矩阵缓缓显现，矩阵中央悬浮着黑袍人的意识体。此刻的他不再是实体，而是由无数闪烁的代码组成，每一行代码都连接着一个被操控的文明。“欢迎来到我的新乐园，”他的声音如同全球广播般在所有频段响起，“暗物质是宇宙的神经网络，而我，是最完美的病毒。”随着他的话语，矩阵四周涌出无数“数据守卫”——这些怪物由恶意代码凝聚而成，有的化作能篡改记忆的蠕虫程序，将队员的战斗经验替换成空白；有的变成吞噬逻辑的蓝屏死机，让所有战术计划瞬间失效；还有的幻化成防火墙形态，将攻击反弹成致命的回波。
林羽的醒世之刃在数据洪流中变得迟钝，刃身的警示符号不断被乱码覆盖。危急时刻，归墟钥星尘突然分解成无数个微型芯片，注入断联者号的系统。飞船的机械装置奇迹般开始自主编程，仪表盘上浮现出由全宇宙文明智慧编写的杀毒程序。“原来如此...”林羽眼中闪过光芒，“黑袍人利用的是文明对科技的依赖，而真正的解药，藏在我们共同的智慧里！”
他将苍生之力注入星尘，凝聚成一把由“文明清醒意志”构成的“涤魂之剑”。剑身刻满人类的甲骨文、外星种族的星际语言、硅基生命的底层代码，每一道纹路都在散发着对抗操控的光芒。灵能诗人燃烧自己的创作记忆，将毕生作品转化为能净化数据的《觉醒诗篇》；沈梦璃斩断被代码干扰的神经连接，施展出破除精神控制的“净心十九式”；而阿依娜在被控制的最后时刻，将银链改写成超级杀毒软件，与断联者号的系统融合成对抗暗网的终极武器。
当涤魂之剑斩向矩阵核心，黑袍人的意识体发出尖锐的电子音爆：“不可能！你们不过是数据海洋里的浮游生物！”但随着全宇宙未被操控文明的意志通过量子纠缠汇聚而来，矩阵开始出现裂痕。林羽看到无数画面在剑刃上闪过：地球的黑客团队用代码筑起防线，魔法文明的智者们吟诵破除咒术的古老咒语，甚至连原始部落的战士都在用图腾力量对抗数据流。
最终的爆炸让暗网瞬间分崩离析，黑袍人的意识体在消散前留下最后威胁：“暗物质的秘密...你们永远无法参透...”战斗结束后，星盟启动全面清查，发现许多文明的量子核心都残留着微型暗网节点。林羽将涤魂之剑化作巡查卫星，在宇宙中巡回扫描；阿依娜重新编写银链协议，增加了反操控的“思维防火墙”；沈梦璃则成立特别部队，专门应对精神层面的入侵。
然而，在宇宙某个未被标注的暗物质星云中，银色晶体正以光年为单位生长，逐渐拼凑出黑袍人的模糊轮廓。更令人不安的是，星盟的考古学家在古老遗迹中发现新的线索——早在文明诞生前，暗物质神经网络就已存在，而黑袍人，或许只是某个更古老存在的“管理员”...... 这场关于操控与自由、虚拟与现实的战斗，不过是揭开宇宙终极秘密的序幕。