当小智和小茂对决完之后。，远处的城市突然传来一阵骚动。警报声、尖叫声混杂在一起，打破了沙滩的宁静。
“那是什么声音？”小霞皱起眉头，朝着声音的方向望去。
众人顺着她的目光看去，只见城市的港口附近，一只体型异常巨大的毒刺水母正带领着一大群玛瑙水母，疯狂地攻击着岸边的建筑和船只。触手挥舞间，一些小型船只瞬间被掀翻，岸边的设施也被破坏得七零八落。
“好大的毒刺水母！”小刚惊叹道。
大木博士推了推眼镜，脸色凝重：“情况不妙，这么大规模的水系宝可梦暴动，一定是发生了什么严重的事情。”
“我们得去帮忙！”小智立刻说道，“皮卡丘，我们走！”
小霞看着那只巨大的毒刺水母，眼神中闪过一丝复杂的情绪，但很快就变得坚定：“等等，小智，我也去！作为水系道馆的馆主，我不能坐视不管。”
说着，小霞也跟着小智朝着城市的方向跑去，小刚和花子、大木博士见状，也立刻跟了上去。
危机的根源
当他们赶到港口时，战斗已经十分激烈。城市的警卫队正试图用高压水枪和宝可梦进行抵抗，但在巨大毒刺水母强大的力量面前，显得不堪一击。
“为什么它们要攻击城市啊？”小智一边躲避着飞溅的水花，一边大喊。
就在这时，一个尖酸刻薄的声音从不远处传来：“这群该死的水母！毁了我的码头，我一定要让它们付出代价！”
众人循声望去，只见一个穿着华丽、满脸横肉的老妇人正站在一栋豪华的别墅前，对着旁边的手下怒吼。她正是这片港口区域的开发者——金婆婆。
“金婆婆？”小霞认出了她，“我听说她为了建造这个私人码头和度假村，强行填了附近的一片浅滩，那片浅滩可是很多水系宝可梦的栖息地！”
大木博士点了点头：“看来问题就出在这里。巨大毒刺水母应该是为了保护自己和同伴的家园，才发动了这次攻击。”
联手解决危机
“我们必须阻止这场战斗，同时让金婆婆停止她的破坏行为！”小智说道。
小霞深吸一口气，拿出了自己的宝可梦球：“小智，我们分工合作！你负责吸引巨大毒刺水母的注意力，我来尝试和它沟通，毕竟我对水系宝可梦比较了解。”
“好！”
小智立刻派出了皮卡丘和刚刚进化的闪光大针蜂：“皮卡丘，使用十万伏特！大针蜂，用双针攻击！注意不要伤到其他的玛瑙水母！”
皮卡丘和大针蜂立刻冲了上去，吸引了巨大毒刺水母的注意。巨大毒刺水母愤怒地挥舞着触手，朝着它们攻来。
与此同时，小霞派出了宝石海星和海星星：“宝石海星，海星星，用水枪攻击巨大毒刺水母周围的地面，制造水雾，让它冷静一下！”
水雾弥漫开来，巨大毒刺水母的攻击速度果然慢了下来。小霞趁机朝着它大喊：“巨大毒刺水母，我知道你很生气，但是攻击城市是解决不了问题的！我们会帮你夺回你的家园！”
巨大毒刺水母似乎听懂了小霞的话，它停下了攻击，用那双巨大的眼睛盯着小霞，眼神中充满了疑惑。
收服墨海马与正义的审判
就在这时，一只小小的墨海马从水中跳了出来，它似乎是被这场战斗吓到了，朝着小霞的方向游了过来。小霞看到这只可爱的墨海马，心中一动。
“墨海马，不要怕，我不会伤害你的。”小霞温柔地说道，同时拿出了一个空的宝可梦球，“如果你愿意和我一起旅行，我会保护你的。”
墨海马看着小霞真诚的眼神，点了点头。小霞将宝可梦球扔了出去，成功收服了墨海马。
“太好了，我收服墨海马了！”小霞高兴地说。
与此同时，小智和大针蜂已经牵制住了巨大毒刺水母。金婆婆见情况不妙，想要偷偷溜走，却被及时赶到的城市警卫队拦住了。
“金婆婆，你非法填海造地，破坏水系宝可梦栖息地，导致了这场危机，你必须跟我们走一趟！”警卫队队长严肃地说道。
金婆婆还想狡辩，但在众多证据面前，她不得不低下了头。
随后，在大木博士的协调下，城市方面承诺会拆除金婆婆建造的违规建筑，恢复浅滩的原貌。巨大毒刺水母看到问题得到了解决，终于平静了下来，带着玛瑙水母群退回了大海。
尾声
危机终于解除，城市恢复了往日的平静。小智和小霞站在海边，看着远处渐渐消失的水母群，露出了欣慰的笑容。
“真是一场惊心动魄的战斗啊。”小霞说道，同时摸了摸身边墨海马的头。
小智点了点头：“是啊，不过我们成功解决了问题，还帮那些水母夺回了家园。而且你还收服了墨海马，真是太好了。”
大木博士走了过来，笑着说：“你们做得很好，尤其是小霞，能够冷静地和巨大毒刺水母沟通，非常了不起。这次的事件也给了我们一个教训，人类在发展的同时，也要尊重自然，保护宝可梦的栖息地。”
就在这时，小茂走了过来，他看着小智和小霞，说道：“不错嘛，你们这次干得还行。不过，我的旅行还在继续，下次见面，我一定会赢过你们的。”
说完，小茂转身离开了。小智看着他的背影，握紧了拳头：“好啊，我们等着！”
一场危机过后，小智和小霞的旅行又将继续。他们不知道，在前方的道路上，还有更多的挑战和惊喜在等待着他们，而那队神秘的火箭队精英特工，也并没有放弃他们的计划……