太武帝的灭佛诏令颁布后，在北魏境内引发了空前激烈的抵抗运动。这场宗教迫害不仅遭到佛教徒的殊死反抗，更在统治集团内部激起深刻矛盾，最终演变为一场涉及社会各阶层的全面冲突。
佛教界的抵抗首先表现为有组织的逃亡行动。据《高僧传》记载，诏令颁布后不久，长安高僧昙曜立即组织了一支三百余人的僧团，携带重要经卷佛像，连夜西逃凉州。这支队伍昼伏夜出，避开官道，历时两个月终于抵达敦煌。与此同时，另一批僧侣在慧觉法师带领下南渡长江，受到刘宋朝廷的欢迎。宋文帝特地下令在建康设立北来僧寺，专门安置逃亡僧侣。这些逃亡行动保存了大量佛教文化遗产，为日后佛教复兴留下了火种。
对于那些无法逃亡的僧侣，抵抗往往表现为悲壮的殉教行为。在平城永宁寺，当官兵前来查封时，八十岁的老方丈法明端坐佛堂，自焚示寂，留下宁舍身命，不违佛法的遗言。在洛阳，年轻僧侣慧可砍断左臂以示护法决心，这一事迹后来成为禅宗着名公案。这些殉教行为在民间广为流传，反而增强了佛教的感召力。
贵族阶层的抵抗更为复杂微妙。太子拓跋晃作为佛教徒，虽然不敢公开反对父皇，但利用监国职权采取了多种缓和措施。他故意延缓诏书传递速度，为僧侣逃亡争取时间；指示亲信官员对重要寺院查而不毁；甚至暗中资助僧侣隐匿经卷。据《魏书·释老志》记载，太子通过宦官王遇，将平城三大寺的重要法器转移至西山密室保存。这些行动虽然冒险，但确实减轻了灭佛运动的破坏程度。
部分鲜卑贵族也暗中抵制灭佛。太原王拓跋翰、阳平王拓跋熙等皇室成员都是虔诚佛教徒，他们以各种方式保护自己领地内的寺院。有些贵族将寺院改为家庙，声称是祭祀祖先的场所；有的将僧侣伪装成家奴；还有的与地方官员串通，谎报执行情况。这些行为反映了统治集团内部在宗教政策上的深刻分歧。
民间抵抗则更为普遍。在佛教盛行的河北地区，许多百姓冒着生命危险藏匿僧侣。正定县的农民王保一家三代人在地下室隐藏了十二名僧侣达两年之久。在山西，信徒们将佛像埋入地下，表面种植庄稼作为掩护。这些民间自发的保护行动，使得灭佛运动难以彻底推行。
佛教徒还采取了文化抵抗的策略。一些文人居士将佛经改写为道家典籍形式，如将《金刚经》改头换面成《太上金刚说》；把佛像改称为太上老君化身。这种伪饰存真的方法，使得佛教思想得以在道教外衣下继续流传。
抵抗运动最激烈的地区当属关中。这里佛教根基深厚，又远离政治中心，抵抗活动组织得最为严密。太平真君七年夏，终南山一带的僧侣联合当地豪强，组建了一支近千人的护法武装。他们依托山险与官军周旋，多次击退小股官兵。太武帝不得不派遣大将娥清率领正规军进山围剿，历时三个月才平定抵抗。
灭佛运动还引发了经济领域的抵抗。许多寺院在得知诏令后，迅速将财产转移或分散。有的将金银法器熔铸为日常用具；有的将田地假卖给信徒；还有的将珍贵经卷寄存在世俗居士家中。这些措施使得官府没收的财产大大少于预期，据后来统计，实际没收的寺院财产不足预估的三分之一。
宗教抵抗还与国际形势相互影响。北凉政权趁机接纳逃亡僧侣，以此彰显与北魏的对立立场。柔然汗国也派人接应北逃僧侣，企图利用宗教问题削弱北魏。南朝刘宋更是大张旗鼓地欢迎南渡僧侣，以此争取政治上的正当性。这些外部因素使得灭佛运动超越了国内宗教政策的范畴，成为影响国际关系的重要因素。
崔浩在镇压抵抗时采取了极端手段。他组建了专门的灭佛司，由狂热的道教徒组成，享有先斩后奏的特权。这个机构在全国各地巡查，对抵抗者格杀勿论。在冀州，灭佛司一天内就处死了三百余名藏匿僧侣的百姓。在并州，整个村庄因为保护寺院而被夷为平地。这些暴行不仅没有吓倒抵抗者，反而激起了更强烈的反抗。
寇谦之对这种情况深感忧虑。他多次劝告崔浩：诛戮过甚，恐伤天和。宜仿周武王克商，存亡继绝。建议对佛教采取较为宽容的态度，保留其教化功能。但崔浩拒不接受，反而认为：除恶务尽，否则死灰复燃。这种分歧使得道教内部也产生了矛盾，部分道士开始怀疑灭佛运动的正当性。
到太平真君八年，抵抗运动逐渐转入地下。表面上佛教组织已被摧毁，但实际上仍在秘密活动。僧侣们改穿俗服，在家修行；信徒们在家中设暗室供奉；佛经被改写为歌谣传唱。这种隐蔽的抵抗方式，使得佛教信仰得以在民间延续。
灭佛运动中的抵抗与冲突，充分反映了宗教政策的复杂性。它不仅是一个宗教问题，更涉及政治、经济、文化等多个层面。各种抵抗形式的出现，说明单纯依靠行政命令和暴力手段难以彻底改变民众的信仰。这些抵抗为后来佛教的复兴保留了力量，也促使统治者反思宗教政策的制定与执行。