金陵有书生江云鹤者，名士之后，然家道中落，门庭萧瑟，唯余满壁诗书与腹中经纶。其性孤高耿介，不喜与俗人交游，独爱于城西废圃流连。圃中荒草萋萋，断壁颓垣，唯有一株牡丹，高逾人肩，枝叶扶疏，含苞未放。其苞硕大如拳，隐透赤霞之色，虽处荒秽，犹显孤标之姿。云鹤每至，必驻足良久，掬水浇灌，拂尘清垢，若对知己。
一日薄暮，骤雨忽至，如天河倾泻。云鹤方于圃中避雨，忽闻裂帛之声。惊视之，见牡丹花枝为狂风所摧，几欲折断，硕大花苞垂垂欲坠，凄楚不胜。云鹤心恻然，不顾衫履尽湿，解腰间丝绦奋力缚其枝干，复以双手扶持。雨水淋漓，血痕蜿蜒自指掌间出，亦浑然不觉。是夜归家，竟染风寒，头重神昏，辗转病榻。
越三日，云鹤病稍愈，复往视之。至废圃，但见风雨已歇，牡丹亭亭玉立，枝叶间竟有一朵硕大奇葩灿然绽放！其色深红如凝血，花瓣重重叠叠，中心一点金蕊，光晕流转，异香氤氲，弥漫于颓垣荒草之间，直透肺腑。云鹤惊立花前，恍然如对故人。
“江郎好情致。”忽闻身后笑语，清越如击玉磬。云鹤回首，见一素衣女子立于夕照之中，年可十七八，容颜明丽不可方物，双眸澄澈，蕴藏千年幽邃之光。女子自称名绛雪，言谈间似对云鹤之事了如指掌。云鹤惊异，疑为狐魅。绛雪掩袖而笑：“君以热血活我，当以丹心报君。何疑之有？”言毕，身形忽隐，唯余异香袅袅，与牡丹之芬芳浑然一体。云鹤伫立花前，心中惊涛骇浪，方知所遇非人。
自此，绛雪常现形相伴。或于月下论诗，清辉满园；或于灯前对弈，落子无声。云鹤观其指尖拂过书页，竟引得墨迹如新蕊般舒展摇曳，异香随之浮动。彼女所谈非仅风月，于古今兴衰、人情世故，洞若观火。云鹤学业大进，枯寂生涯，因绛雪而焕发异彩，恍若幽谷得遇明月朗照。
金陵有豪绅贾世魁者，家资巨万，性贪婪阴鸷，尤嗜搜罗天下奇花异卉，闻废圃牡丹奇绝，顿起觊觎之心。遣恶仆数人，欲强移其花。云鹤挺身护之，厉声呵斥：“此花有灵，岂容亵渎！”恶仆见其文弱，嗤笑推搡。云鹤踉跄跌地，额角触石，血流如注，点点溅于牡丹根下。泥土瞬吸热血，花瓣忽地赤芒暴涨，如灼灼火焰升腾，恶仆惊惧，狼狈遁走。绛雪当夜显形，执云鹤之手，泪光莹然：“君血沃我根基，此情天地可鉴！”云鹤抚其鬓边，唯觉幽香沁骨，心魂俱醉。
不久，云鹤将赴省城乡试。临别前夕，绛雪剪下青丝一缕，缠绕于一枚温润红玉之上，系于云鹤颈间：“此玉含妾精魄，愿佑君途路平安，蟾宫折桂。”云鹤珍重藏之，依依惜别。出城十里，忽觉怀中玉佩隐隐发烫，异香弥漫车厢。回首金陵方向，但见城廓上空似有淡淡红霞氤氲不散，心头莫名惊悸，如失至珍。
贾世魁探知云鹤已离金陵，歹念复炽。夤夜率恶仆携锄镐再入废圃。月色惨白，照见牡丹亭亭。世魁狞笑：“奇花合当入我金盆玉盏！”挥锄猛掘。泥土翻飞之际，忽见根须盘结处隐透血丝，如活物脉络搏动。众仆骇然，世魁强作镇定：“妖花惑众，速掘之！”锄刃落下，斩断主根，竟有殷红汁液如血泪汩汩涌出！异香陡然浓烈，弥漫如雾，闻者心摇神驰。恶仆惊叫奔逃，世魁亦胆寒，然贪念终胜恐惧，命人裹泥速移其花。
牡丹移至贾府华苑，金盆玉盏，沃以甘泉，然花容立见萎靡，赤霞之色尽褪，花瓣片片凋零。世魁大怒，迁怒花匠，鞭笞无度。是夜，世魁独坐庭中，对残花饮酒，忽闻女子幽泣，声若游丝，自花盆底缭绕而出，凄楚入骨。酒盏坠地，世魁惊觉颈后冰凉，似有发丝垂拂。猛回头，但见月下素衣女子背立，长发委地，肩头耸动。世魁魂飞魄散，颤声问：“汝…汝乃何人？”女子缓缓回眸——青丝覆面，唯唇色一点腥红！世魁惨叫一声，昏死过去。
云鹤于贡院之中，文思泉涌，如有神助。三场毕，胸有成竹。然揭榜之日，竟名落孙山。众皆哗然，云鹤亦百思不解。失意南归，船至江心，忽遇狂风恶浪，樯倾楫摧。云鹤落水，挣扎间，忽见颈间玉佩红光炽盛，灼灼如日。红光过处，惊涛裂开一道坦途，异香馥郁，直抵彼岸。云鹤匍匐上岸，回首滔滔浊浪，心知此乃绛雪以精魄相护，遂握紧玉佩，星夜兼程赶回金陵。
及至废圃，但见断茎狼藉，根穴犹存，穴中血痕宛然，已成深褐。云鹤抚穴大恸，泪落如雨。忽闻身后步履纷乱，贾府恶仆汹汹而至，诬其施妖法害主。不由分说，锁拿入狱。公堂之上，县令早受贾府厚赂，不容云鹤置辩，酷刑加身。云鹤遍体鳞伤，紧握怀中玉佩，暗念“绛雪”之名。县令掷下火签，厉喝：“妖人江云鹤，惑乱乡里，罪不容诛！立决！”
刑场之上，秋日惨淡。云鹤引颈待戮，忽觉怀中玉佩滚烫如炭，红光透衣而出，直冲霄汉！刹那间，狂风骤起，飞沙走石，刑场四周草木疯长，荆棘如蛇缠住刽子手脚踝。众人惊惶四顾，忽闻环佩清泠，异香如潮水般汹涌弥漫。风沙稍息，但见半空中，绛雪素衣凌虚，长发飞扬，眸中烈焰灼灼，已非昔时温婉模样。其声凛冽如寒泉击石：“尔等浊世蠹虫，伤我根脉，害我恩公，天理难容！”
绛雪广袖一挥，金陵城内百花应召！芍药离土化刃，寒梅凝霜为甲，藤蔓如巨蟒破壁而出。万千花叶如受敕令，纷纷扬扬离枝汇流，顷刻间聚成甲胄鲜明之阵，蕊为锋，瓣作盾，浩浩荡荡直扑贾府与衙门。花军过处，贾府雕梁画栋如遭飓风，摧枯拉朽；衙门朱门铜钉被藤蔓生生勒碎，牌匾委地。贾世魁藏身密窖，仍被蔷薇藤蔓寻隙而入，尖刺深勒入骨，血染锦袍，哀嚎之声穿墙而出。县令冠冕落地，瑟缩公案之下，惊见案头墨兰陡然暴涨，墨色汁液如活物般游走，瞬间将其吞没，唯余官袍一角在外抽搐。昔日巍峨府邸，须臾尽成断壁残垣，唯闻花海怒涛翻滚之声与贪鄙者垂死哀鸣交织。
绛雪飘然降于刑台，素手轻拂，云鹤身上枷锁寸寸断裂。四目相对，千言万语皆在绛雪眼底深潭般哀恸之中。她俯身欲携云鹤，指尖将触未触之际，身形骤然如烟波荡开，渐趋透明。云鹤惊呼，伸手欲挽，却只握住一缕清冷异香。但见刑场中央那株随绛雪而来、灼灼盛放的本命牡丹，花瓣正片片凋零，化为点点赤红流萤，随风升腾，终散入渺渺长空——绛雪以己身为引，催动百花，精魄耗尽，花魂将散。云鹤扑跪于凋零的花株前，泣血悲呼：“绛雪——！”声裂秋空。唯余那枚红玉，光华尽失，冰冷如石，静静躺在他掌心。
云鹤怀抱枯玉，形销骨立，重返已成焦土的废圃。于牡丹残根之侧，结庐而居。每日摩挲枯玉，对残根低语，恍若绛雪犹在。某夜，恍惚入梦，见绛雪于一片混沌光华中微笑，指尖轻点他眉心：“情缘未尽，待君重来。”言毕消散。云鹤惊醒，怀中枯玉竟透出微温。翌日，他细心掩埋残根与枯玉，深深一揖，而后孑然一身，芒鞋竹杖，飘然远引，不知所终。
流光荏苒，倏忽百年。金陵西郊，新起一座牡丹园，名唤“鹤唳园”。时值暮春，园内万紫千红，游人如织。一青衫少年书生，独步园中，至一株名为“绛云泣血”的赤牡丹前，忽觉心头莫名剧痛，神思恍惚。凝眸处，见花影摇曳间，似有一素衣女子身影，鬟鬓微垂，对他颔首莞尔，异香一缕，依稀当年。少年痴立花前，泪落而不自知，喃喃道：“怪哉，此花…似曾相识？” 清风徐来，花枝轻颤，如诉如慕，唯余满园春色寂寂无言。
异史氏曰：“情之所钟，虽草木可通灵性；怨毒所积，纵衣冠难掩兽心。观绛雪以花魂之弱质，竟引万芳为兵，摧枯拉朽，岂非精诚能动天地乎？彼贾某辈，锦袍裹秽，金玉其外，视生灵如玩物，终遭百卉反噬，身名俱灭。呜呼！世之逐臭夫，闻此牡丹风雷之声，睹此贪鄙烟灭之景，宁不愧怍惕厉乎？至若江生，热血浇根，换得玉碎香消，其情可悯，其遇堪伤。然精魄轮回，犹识旧圃，一点痴心终不昧。天地之大，造化之奇，孰谓草木无情哉？唯人心之妒焰，烈于地狱之火；情义之精诚，永耀幽冥之途。慎之，戒之！”