明朝成化年间，江西龙虎山下有个叫程玉川的年轻镖师，这日押着三十车红货行至金华地界，忽见官道中央横着七具无头尸首，乌鸦正啄食着腐肉。程玉川抬手止住车队，鼻尖飘来一股腥甜气味，当即拔出雁翎刀喝道：“布玄武阵！”话音未落，道旁松林里惊起漫天寒鸦，十二个身着赭黄袈裟的番僧踏着树梢而来，腰间人骨法鼓震得镖师们耳鼻渗血。
为首番僧枯手直指第三辆镖车：“北镇抚司的狗腿子，也敢动佛爷的圣物？”程玉川心中骇然，这趟暗镖接的是京城贵人所托，连总镖头都不知箱中何物。眼见番僧袖中甩出七枚金环，他急退三步横刀格挡，却听锵然巨响，精钢所铸的雁翎刀竟被金环绞成碎片。
正当此时，天际掠过一道青影。但见个邋遢老道倒骑毛驴而来，驴蹄踏在官道青石上竟不留痕。老道醉醺醺挥着酒葫芦：“秃驴们好不识趣，惊扰贫道捉蛇炼丹。”番僧们见状变色，三十六枚金环齐出，老道却张口喷出酒雾，金环遇雾即融，化作金水滴答落地。
程玉川正要道谢，老道忽用葫芦戳他后心：“小子怀里的龙纹铜符还要藏到几时？”这话如惊雷贯耳，那铜符是三月前他在黄河渡口所救垂死老叟所赠，嘱咐需在八月中秋送往武当山真武殿。番僧听得“龙纹铜符”四字，眼中贪光大盛，十二人倏然结阵，袈裟翻飞如血云压顶。
老道哈哈大笑，驴蹄轻踏官道，地底忽传龙吟。十三丈外的古槐树上飘落个戴青铜面具的白衣人，指尖银弦闪动，十二颗番僧头颅齐刷刷滚落。程玉川尚未回神，白衣人已拂袖收走铜符，冷声道：“张天师的五雷符都镇不住这些妖僧，看来少林也出事了。”
原来那铜符竟是前朝刘伯温所留的镇龙钥，关乎大明龙脉气运。程玉川这才知晓，自己早已卷入惊世阴谋。白衣人摘下面具，竟是本该在二十年前葬身火海的崆峒派掌门凌虚子。而此番镖车中所藏，实为锦衣卫指挥使暗中筹集的军饷，预备应对边关叛乱。
三人夜宿荒庙时，凌虚子取出半张羊皮地图。烛火下可见武夷山深处标着朱红小字“隐龙窟”。老道抚须长叹：“当年刘基先生斩尽天下龙脉，独留此穴镇守国运。如今东厂阉党与白莲教勾结，欲取穴中秘宝颠覆江山。”
程玉川摸着胸前被金环震出的淤痕，忽觉怀中尚有硬物。取出看时竟是半枚虎符，与凌虚子手中羊皮地图暗纹严丝合缝。老道拍腿大叫：“好个程万里！临死还不忘给亲儿子留后手！”程玉川如遭雷击——程万里正是他失踪十年的生父名讳。
凌虚子指尖轻点虎符裂隙，庙中供桌陡然移开，露出深不见密道。三人举火而入，见四壁刻满星图，正中石棺躺着具栩栩如生的青袍尸身，腰间佩剑刻着“镇岳”二字。老道扑通跪倒：“师尊！您竟真在此处...”话音未落，尸身忽然睁眼，袖中射出三枚透骨钉。
程玉川侧身闪避时，忽觉涌泉穴发热，足下青砖裂开八卦纹路。尸身喉间发出金石之声：“逆徒！竟敢带外人闯阵！”凌虚子连退七步，袖中银弦缠住棺椁：“师叔祖息怒！弟子奉天师令前来取镇龙珠...”原来这青袍客竟是百年前失踪的龙虎山长老张宇初。
四人战作一团时，程玉川怀中断刀忽然嗡鸣。刀柄裂开处飘出缕紫烟，凝成个宫装美妇虚影。张宇初见得此影，竟老泪纵横：“阿萝...你终究还是选了程家...”美妇轻抚程玉川头顶：“孩儿，你爹当年盗走虎符实为保全龙脉，如今该物归原主了。”
突然地道剧震，番僧们去而复返，身后跟着个戴斗笠的独臂人。斗笠掀开竟是本该镇守云南的黔国公沐琮。沐琮冷笑：“张宇初，你假死遁世二十年，不就为等今日？”挥手间箭如飞蝗，美妇虚影倏然散作万点紫星，番僧触之即溃。
混乱中程玉川被推入石棺，棺底暗门直通地下暗河。顺流漂至洞庭湖畔时，怀中竟多了卷以血书就的《龙渊棋谱》。在岳阳楼歇脚时，忽见说书人拍响惊堂木：“今日且说那程万里单骑闯少林，十八铜人阵前救美...”程玉川细听之下浑身剧震，故事中被救的女子名唤秦素娥，正是他早逝生母的闺名。
当夜有蒙面客潜入客房，程玉川与之缠斗时扯落对方面纱，赫然是日间说书的老者。老者苦笑：“程公子，老奴是你娘陪嫁管家秦伯啊！”取出枚鸾凤玉佩与他怀中虎符相扣，竟现出武夷山详图。图中标注着九处龙脉气穴，最近处就在君山之下。
二人夜探君山，在轩辕台畔遇群豪厮杀。华山派掌门岳擎天正与丐帮长老争夺青铜匣，见程玉川现身竟齐声道：“镇岳剑传人既到，合该由你主持公道！”原来那石棺中张宇初佩剑，正是失踪百年的武林圣物镇岳剑。程玉川拔剑出鞘时，湖心忽现漩涡，十二艘铁甲战船破浪而来，船首立着东厂督公曹少钦。
血战间秦伯为护主身亡，临死塞给程玉川半片鱼形玉珏。程玉川负伤坠湖，被水流冲至芦苇荡，让个采菱女救起。少女名唤阿芷，鬓角却藏着支九凤攒珠钗——那是宫中贵妃才有的饰物。程玉川养伤时发现阿芷每夜对月习武，身法竟是失传已久的玉女剑法。
中秋夜，阿芷带他潜入岳阳府衙地牢。囚笼中枯坐的老者听见玉珏相击之声，猛然抬头：“素娥...我女儿可安好？”程玉川这才知外祖父秦慕白尚在人间，二十年前竟是因反对废太子遭构陷的翰林学士。三人正要脱身，地牢穹顶突然塌陷，沐琮带着火铳队现身：“秦学士，把太祖密诏交出来罢！”
程玉川护着老者杀出重围，在长江边遭遇七波截杀。最后关头凌虚子与邋遢老道乘舟而来，船头立着个手捧圣旨的绯衣太监。曹少钦见状色变：“冯保！你竟敢私离禁宫！”原来这冯保早与张居正暗中筹谋，欲借龙脉之事铲除阉党。
众人齐聚武当山金顶时，紫霄宫中忽起变故。武当掌门清虚道长突然发难，拂尘直取程玉川咽喉。凌虚子银弦疾射，喝道：“你果然投了白莲教！”清虚道长撕下面皮，露出遍布刺青的脸孔：“本座白莲左使姜夜，今日便送诸位去见三清！”
混战中程玉川被逼至真武大帝座前，怀中虎符忽然灼热。神像轰然转动，现出深不见底的剑冢。冢中万剑齐鸣，镇岳剑脱手飞出，与冢底冲起的玄铁重剑合二为一。姜夜惊呼：“天师剑！张宇初那老鬼竟把龙虎山至宝藏在此处！”
冯保突然击掌，殿外涌入三百锦衣卫。沐琮仰天大笑：“本公早已在武当山下埋设万斤火药...”话音未落，阿芷袖中射出银针，沐琮应声倒地。少女摘去易容面具，竟是坤宁宫掌事女官：“奉皇后懿旨，诛杀叛臣！”
程玉川手握天师剑跃上殿脊，见星野之中紫微星晦暗不明。忽记起幼时父亲所授《辋川图》中暗藏的口诀，剑尖划出北斗轨迹。云层中惊现龙形电光，劈中紫霄宫前的日晷。地底传来轰鸣，九道气柱自武夷山方向冲天而起。
凌虚子望着气柱老泪纵横：“镇龙桩启动了...刘伯温先生果然神机妙算...”邋遢老道却盯着程玉川胸前浮现的龙纹叹息：“可惜这孩子...终究成了镇龙人...”程玉川方知自己生来便是龙脉容器，唯有舍身镇入隐龙窟，方可保大明三百年气运。
翌日黎明，程玉川独自走向武夷山深处。在隐龙窟前遇见个扫落叶的老僧，竟是当年黄河渡口所救之人。老僧合十：“施主可悔？”程玉川回首望向来路，阿芷的九凤钗在朝阳下闪光。他轻笑一声，挥剑斩断垂藤，头也不回踏入了龙吟声声的洞窟。
洞中寒气刺骨，程玉川举着火折子往前摸索，石壁渐渐显露出人工开凿的痕迹。忽听身后轰隆巨响，来路已被万斤巨石封死。他苦笑一声，想起阿芷那双含泪的眼，继续深一脚浅一脚地往地脉深处行去。
越往深处越见奇景，石钟乳间结着冰晶，地泉在幽暗中泛着磷光。转过三个弯，眼前豁然开朗，竟是个巨大的地下洞窟。九根蟠龙柱按九宫方位排列，正中悬浮着个光芒流转的水晶球，球中隐约可见山川脉络。
终于来了。柱后转出个拄拐的老妪，银发如雪，面容却与宫装美妇有七分相似。程玉川怔在原地：您...您是我外婆？老妪冷笑：秦萝早死在二十年前那场大火里了。老身不过是守墓人。拐杖轻点地面，水晶球中突然现出洞外景象——阿芷正带着锦衣卫与东厂番子血战，武当山巅已成修罗场。
程玉川正要开口，忽觉怀中天师剑剧烈震动。老妪身形飘忽而至，枯手直取他咽喉：把龙魂交出来！剑鞘自发腾起紫光，在程玉川周身布下气墙。老妪被震退三步，突然撕下人皮面具，露出张布满咒纹的脸：不愧是程万里的种，可惜今日注定要成全圣主的千秋大业！
洞顶突然塌落碎石，凌虚子顺着银丝坠下，袖中飞出三十六枚铜钱：白莲右使，你伪装秦萝二十年，当真以为无人知晓？几乎同时，邋遢老道从暗河钻出，酒葫芦喷出毒雾：跟她废什么话！这妖妇害得师尊闭关走火入魔！
三人战作一团时，程玉川被无形力量牵引至水晶球前。球中影像忽变，显出沐琮在武当山脚点燃引线的可怖场景。危急关头，他福至心灵地将虎符按在球面，九根龙柱应声转动，地脉灵气如江河倒灌。
山外正在恶战的众人忽觉地动山摇。阿芷眼见一道金光自隐龙窟冲天而起，所过之处火药尽数哑火。冯保趁机射出响箭，埋伏在松林中的神机营铳手齐发，东厂番子顿时溃不成军。
洞内程玉川却陷入苦战。白莲右使祭出七面魂幡，无数怨灵尖啸着扑来。凌虚子银弦尽断，老道酒葫芦也被劈开。正当危急，程玉川背后突然显化龙影，天师剑自行飞入他手中。剑锋过处，怨灵如雪消融。
不可能！妖妇尖叫，凡人之躯怎能承受龙魂？程玉川只觉无数记忆碎片涌入脑海——二十年前父亲程万里夜闯大内盗取虎符，母亲秦萝以生命为代价将龙魂封入幼子体内...原来自始至终，他才是真正的镇龙之器。
妖妇突然捏碎玉符，洞窟四壁渗出黑水。凌虚子骇然：快走！她在引动地煞！三人疾退时，程玉川却被黑水缠住双脚。眼看就要被拖入深渊，斜里突然刺来一柄软剑，阿芷浑身是血地斩断黑雾：要走一起走！
此时洞外战局又生变故。沐琮见火药失效，竟命亲兵推出三门红衣大炮。冯保脸色骤变，正要下令撤退，忽见西方烟尘滚滚，黔国公沐朝弼亲率苗兵赶来：逆子！还不束手就擒！
洞内四人趁乱冲出，恰见沐琮狗急跳墙地点燃火炮。程玉川想也不想地挥剑迎上，天师剑与炮弹相撞的刹那，体内龙魂彻底苏醒。众人只见青光贯日，炮弹竟调转方向，将沐琮连人带马炸成碎片。
硝烟散尽时，程玉川颓然跪地，七窍缓缓渗出血丝。阿芷扑过去扶他，触手却觉肌肤冰冷。凌虚子搭脉后面色凝重：龙魂反噬，除非找到南海沉香木...老道突然指向西南：快去苍山！当年师尊在那里留了后手！
沐朝弼当即备下快马，众人昼夜兼程赶往云南。途经苗寨时，头人见到程玉川胸前龙纹，竟率全寨跪拜：恭迎龙王转世！原来百年前刘伯温曾在此地降服恶蛟，预言将来会有身负龙魂者来取镇海珠。
在苗人指引下，他们找到洱海深处的青铜祭坛。坛底沉着具水晶棺，棺中女子容貌与程玉川颇有几分相似。凌虚子见到棺前石碑，突然伏地大哭：师娘！原来您在这里！程玉川细读碑文才知，这竟是张宇初当年因正道不容而分离的发妻，也是他的姑祖母。
棺盖开启的瞬间，程玉川怀中飞出一缕金光没入女子眉心。女子睁眼轻叹：苦命孩儿...指尖点在他眉心，暴走的龙魂顿时温顺如溪流。众人正要道谢，祭坛突然震动，白莲教主带着四大法王破水而出：好个张宇初，竟把龙珠藏在爱妻体内！
程玉川此刻方知完整龙魂需要龙珠调和。眼见白莲教主祭出吸星大法，他福至心灵地将天师剑插入祭坛凹槽。洱海顿时掀起巨浪，十二条水龙卷冲天而起，白莲教徒纷纷被卷入漩涡。
风波平息后，女子身影渐渐透明：孩子，去昆仑吧...那里有你先祖留下的...话未说完已化作飞灰。程玉川握着新得的龙珠，忽见东南天际亮起狼烟——那是锦衣卫告急的信号。
众人赶回武当山时，只见尸横遍野。冯保浑身是血地倚在断柱旁：曹少钦联合倭寇破了山海关...程玉川望向辽东方向，手中龙珠突然发烫。他想起父亲笔记中提到的龙脉归一，终于明白镇守气运的真正含义。
三日后的山海关外，程玉川独自立于烽火台。体内龙珠与龙魂渐渐融合，在天灵处凝成虚幻龙角。倭寇舰队出现在海平面时，他挥剑指天，九道龙影自云层扑向敌舰。观战者皆见青光裂空，百艘战船尽数沉没。
战后程玉川却消失无踪。只在隐龙窟前留了半截断剑，剑身上刻着山河无恙。有人说见他乘龙归天，也有人说他在苗疆与阿芷隐居。唯有每朝国运飘摇时，总会有个负剑侠客现身力挽狂澜。市井话本里，百姓都唤他作——镇岳龙王。