经此一役，大明看似重回正轨，然而，太平教余孽如暗处的蝼蚁，并未被彻底根除。他们蛰伏于深山密林、市井陋巷，暗中积蓄力量，等待着下一次卷土重来的时机。
朝堂之上，永华帝为防患于未然，召集重臣商讨对策。兵部尚书拱手进言：“陛下，邪教既已生乱心，臣以为当在各地增派驻军，强化军事管制，以雷霆手段震慑宵小。”户部尚书却微微皱眉，出班奏道：“陛下，如今赈灾耗费巨大，各地府库空虚，若再增兵，军饷开支难以为继，恐引发新的民生问题。”一时间，朝堂议论纷纷，莫衷一是。
与此同时，在远离京城的偏远之地，太平教残党秘密联络各地江湖势力。他们以金银财宝、高官厚禄为诱，拉拢了一批心怀不轨的绿林盗匪与落魄武夫。这些人平日里啸聚山林，干着打家劫舍的勾当，如今被太平教蛊惑，竟妄图与朝廷对抗，憧憬着改朝换代后能飞黄腾达。
雷县，曾受太平教蛊惑最深之处，一位名叫苏御的年轻书生，在目睹了乡亲们从苦难到获救的全过程后，心中暗自发誓要守护这来之不易的安宁。他白日帮着官府整理典籍，夜晚则挑灯苦读兵法谋略。一日，苏御偶然察觉城中粮价莫名波动，细查之下，发现是太平教余孽暗中勾结粮商，囤积居奇，欲再次制造混乱，引发百姓不满。苏御急忙将此事上报官府，县令迅速行动，抓捕了涉案粮商，稳定了粮价。
霆县，赵峰将军在加强城防巡逻时，发现有神秘人频繁出入山林，形迹可疑。他率一队精兵悄悄跟踪，竟发现太平教在一处隐秘山谷中建立了简易的兵器作坊，几个老铁匠正日夜赶制简陋的刀枪。赵峰果断出击，一场激战过后，捣毁了作坊，生擒数名太平教教众。可在审讯中，得知他们还有更庞大的计划，准备在秋收时节，趁各地忙于收割、兵力分散，发动全面暴乱。
消息传至京城，永华帝龙颜大怒，责令锦衣卫全力彻查太平教残余的核心组织架构，务必将幕后主使缉拿归案。锦衣卫指挥使领命而去，派出无数密探，眼线撒向四面八方。
万县，林婉医师在救治病患之余，听闻太平教欲利用疫病卷土重来的传言，忧心忡忡。她凭借着在江湖中的人脉，联合各地名医，研制出了几种能有效预防疫病复发的新药方，并将药方无私地分享给官府，由官府组织人手熬制分发。百姓们对她感恩戴德，纷纷自发组成护卫队，协助官府巡查，防止太平教渗透。
钧县，县令孙文深知教育才是杜绝邪教滋生的长远之道。他在全县推行免费私塾，聘请有识之士授课，传授儒家经典、道德礼仪，让孩子们从小明辨是非。同时，他还鼓励百姓举报邪教活动，凡举报属实者，给予重赏。一时间，钧县百姓人人警惕，让太平教余孽几乎无缝可钻。
随着各方努力，太平教的阴谋一次次被挫败。但他们贼心不死，变换着花样继续兴风作浪。在江湖与朝堂的明暗交锋中，大明的未来依旧笼罩在一片阴霾之下，究竟能否彻底驱散这邪教乌云，还天下一个真正的太平盛世，无人能轻言知晓……