孙思邈的承诺如同给李世民注入了一剂强心针。他深知，要将《赤脚医生手册》中的知识转化为切实可用的医疗力量，绝非孙思邈一人闭门研究所能完成，需要建立一个可靠且高效的团队，以及相应的技术支持。
李世民首先下了一道旨意，以“整理历代医典，精研养生之道，侍奉宫廷”为由，在太医院内特设了一个名为“尚药局典纂处”的新部门。这名称听起来像是负责文献整理的老学究部门，极不起眼，实则却是未来大唐医学革新的核心策源地。
孙思邈被授予了“尚药奉御”的虚衔，名义上统领此部门，享有调用太医院一切资源、查阅所有医案藏书的权力，并可自由出入宫禁，方便为帝后及皇子公主们诊视。此举既给予了孙思邈极高的地位和便利，又巧妙地将其活动掩盖在太医院的常规事务之下。
紧接着，李世民亲自圈定了数名进入“典纂处”的太医。入选标准极其严苛：首要便是绝对忠诚，家世清白，与世家大族无过深牵连；其次要求医术精湛，思想开明，不固守成规。其中，便包括了之前曾用针灸之术为林昊治疗眼疾的那位老太医。他因亲眼见过林昊的“不凡”（虽然不知其具体来历），且医术、医德俱佳，成为了孙思邈的重要副手。
与此同时，一道密令从两仪殿发出，直达将作监。几名手艺最精湛、背景最干净、且曾参与过诸如千里镜研磨等“特殊项目”的工匠被秘密抽调出来，他们的档案被加密，家人被暗中保护（实为监控），随后被引入了宫禁深处一处新划定的、守卫森严的工坊。这个工坊直接隶属于“典纂处”，不对将作监负责。
他们的首要任务，便是根据《赤脚医生手册》中的图文描述，尝试复原那些前所未见的医疗器械。其中重中之重，便是那被称为“注射器”的神奇器物。手册中描绘的，利用玻璃（或透明树脂）管身、金属针头，通过活塞推注药液直接进入人体的方式，彻底颠覆了传统口服、外敷的治疗途径，对于实现书中提到的某些疗法（如未来的牛痘接种、或者更远期的药物治疗）至关重要。
工匠们面对着“刻度精准”、“管壁光滑透明”、“针头中空而极细且锋利”、“与管身连接处需严格密封”等一系列极高难度的要求，开始了艰难的探索。他们尝试用最纯净的水晶打磨管身，用精金（高纯度黄金）或百炼钢拉制细针，用鱼胶、蜂蜡尝试密封……过程屡屡失败，但在孙思邈根据书中原理进行指导，以及李世民不惜工本的物资支持下，进展虽缓慢，却始终在向前推进。
而在“典纂处”的书斋内，则是另一番景象。孙思邈带领着几位精选出的太医，开始了对《赤脚医生手册》的系统性研读与整理。他们夜以继日，分工合作。
有人负责将书中与现代医学相通或可借鉴的部分，用当下的医学语言进行转译和注释。
有人负责根据书中描述的病症和药方，在大唐现有的药材库中寻找替代品或验证其疗效，尤其是针对黄花蒿治疗疟疾、以及可能找到的替代青霉素的原始霉菌（如某些陈年浆糊或瓜果霉菌）进行初步的、极其小心的培养和试验。
孙思邈则亲自负责核心部分，结合林昊的讲解，深入理解细菌、病毒、消毒、免疫等概念，并着手为长孙皇后的气疾、以及可能预防皇子公主们未来健康隐患，制定详细的、融合了新老知识的调理方案。
所有研究成果，都被以特殊的密码记录，单独呈报给李世民。整个“典纂处”及其附属工坊，如同一个在平静太医院表象下高速运转的秘密心脏，吸收着来自未来的医学养分，准备着在未来某个关键时刻，为大唐迸发出强大的生命力。
李世民偶尔会秘密前来视察，看着孙思邈与太医们激烈讨论，看着工匠们对着图纸和半成品冥思苦想，心中充满了期待。他知道，当这个秘密部门的研究成果逐渐成熟并推向世间的时刻，必将引发另一场不亚于军事和政治变革的巨震。
孙思邈入宫的消息，如同在平静的湖面投下了一颗石子，涟漪迅速扩散至长安城的每一个权力角落。对于普通百姓而言，这或许是皇帝尊贤重道的一桩美谈，或是对皇后凤体安康的祈愿。然而，在那些盘根错节、嗅觉灵敏的世家门阀眼中，这绝非一次简单的征召。
起初，是孙思邈被直接引入两仪殿偏殿，陛下与皇后亲自接见，屏退左右，密谈良久。这本身就不寻常。孙思邈虽名满天下，但终究是方外之人，何须帝后如此郑重其事？紧接着，太医院内悄无声息地多了一个名为“尚药局典纂处”的衙门，孙思邈挂名其中，地位超然。这看似是给了神医一个名分和落脚处，但有心人稍加打探便发现，这个“典纂处”权限大得惊人，可以调用太医院一切资源，查阅所有秘而不宣的医案，甚至其用度开销直接来自内帑，绕过了户部和太常寺的常规审核。
更令人不安的是，几乎在同一时间，将作监几名手艺顶尖、曾参与过某些“特殊项目”（如之前千里镜的研磨）的工匠，突然从原有岗位消失，人间蒸发了一般。生不见人，死不见尸，家人也被以“保护”为名圈禁起来，隔绝了与外界的联系。这些人去了哪里？在做什么？
这些看似孤立的事件，被世家谋士们放在一起反复揣摩，得出的结论让他们脊背发凉。
“陛下……究竟想做什么？”太原王氏在长安的宅邸内，王珪的族弟王裕（虚构人物，代表王氏利益）捻着佛珠，眉头紧锁，对着几位心腹幕僚喃喃自语，“若只为皇后调养身体，何须如此大动干戈？设立秘密部门，抽调顶尖工匠……这分明是要研制什么东西！”
“孙思邈乃医道圣手，其价值绝非仅仅调理凤体那般简单。”一位幕僚沉吟道，“结合前些时日宫中用冰异常，魏王弄出那‘千里镜’……属下怀疑，陛下背后那神秘年轻人，恐怕又拿出了什么了不得的医道奇术！此番动作，是为了解析、掌握，甚至……量产！”
“量产？”王裕手一顿，佛珠停止转动，“何种医药，需要如此隐秘，甚至动用将作监的工匠？莫非……是能强军健民的秘药？或是可防治瘟疫的奇方？”他想到了历史上那些传说中能决定一场战争胜负，或能拯救一场大疫的“神药”。若真如此，皇室掌握此等利器，对世家赖以生存的“声望”和“民心”，将是何等巨大的打击？
同样的焦虑，在清河崔氏、范阳卢氏、荥阳郑氏等家族的密室中弥漫。
最让世家感到无力与恐慌的，是那个“典纂处”如同一个深不见底的黑洞。他们以往无往不利的渗透手段，这次似乎都失效了。
派去打探消息的眼线，要么根本接触不到核心，只能传回些“孙神医每日翻阅古籍”、“几位太医常在值房争论”等无关痛痒的信息；要么，那些人进去后就再难传递有效情报出来，仿佛被无形的手控制住了。关于那几名失踪工匠的消息，更是石沉大海，百骑司的防卫密不透风。
他们知道里面一定在发生着什么惊天动地的事情，却偏偏无从得知具体内容。这种“已知的未知”比完全的未知更令人抓狂。
“我们就像蒙着眼睛站在悬崖边，”范阳卢氏在京的主事人卢承庆（历史人物，此时应尚年轻，此处借用其名代表卢家）对族中子弟忧心忡忡地说道，“我们能感觉到脚下的地面在震动，能听到风声在呼啸，却不知道悬崖有多深，也不知道那股推动我们的力量来自何方，目的何在。陛下如今行事，愈发莫测高深了。”
他们尝试从其他渠道突破。有人建议拉拢那些未被选入“典纂处”的太医，许以重利，探听口风。然而，那些太医要么是真的一无所知，要么是慑于皇权与百骑司的威严，三缄其口，不敢多言。
他们也想过在朝堂上再次发难，但上次用冰之事被轻易挡回的经历犹在眼前。没有确凿证据，仅凭猜测，根本无法撼动决心已定的李世民，反而会打草惊蛇，暴露自己过于关注此事的意图。
世家大族能绵延数百年，历经朝代更迭而不倒，靠的不仅仅是土地和财富，更是对知识的垄断，对经典的解释权，以及由此衍生出的政治和文化影响力。他们垄断了教育资源，子弟更容易通过科举入仕；他们掌握了大量的藏书和家学传承，在学术上拥有极高的话语权。
然而，李世民近几个月来的系列动作，正在从根本上动摇他们的这一基石。
那个神秘年轻人授课，内容闻所未闻，却能引导皇子造出千里镜；如今，孙思邈入宫，结合那年轻人的“奇术”，很可能在医学领域又会产生颠覆性的成果。如果皇帝手中掌握了源源不断的新知识、新技术，那么世家在文化上的优越性将荡然无存。
“今日他能造出千里镜，明日他能制出神药，后日呢？”荥阳郑氏的代表在密会中声音低沉，“若陛下真能不断拿出此等利国利民之物，民心所向，还有我世家立足之地吗？届时，我们还有何力量抗衡？”
更让他们细思极恐的是，那个年轻人本身。他就像一颗突然投入棋盘的棋子，完全打破了原有的游戏规则。他的知识体系不属于任何已知的学派，他的思维方式迥异于常人。对付传统的士大夫，他们有无数手段，或拉拢，或打压，或通过经义辩论占据道德制高点。但对付这样一个存在，他们所有的经验都失效了。
“此人……究竟是人是鬼？是仙是妖？”有人甚至在极度焦虑中产生了荒诞的念头，“为何他的出现，总是伴随着这些匪夷所思之物？”
持续的未知与压力，也开始在世家内部催生出不同的声音。
以崔氏、卢氏为代表的一些较为激进的成员，主张采取更强硬的手段。“不能再坐以待毙！必须想办法弄清楚那‘典纂处’的秘密！哪怕动用一些非常规的手段，也要揪出那个年轻人的底细！否则，我等皆是俎上鱼肉！”
而像王裕等较为持重的，则担忧贸然行动会引来灭顶之灾。“陛下如今羽翼渐丰，身边能人辈出，更有那层出不穷的新物事助力。此时硬碰，绝非良策。当务之急，是稳住阵脚，加强我等自身的团结，同时……或许该考虑，是否要转变策略，尝试与陛下……有限度的合作？”
但合作谈何容易？双方积累的矛盾和猜忌已深，更重要的是，他们完全不知道李世民最终的底线和目标是什么。这种信息不对称下的“合作”，无异于与虎谋皮。
也有人将希望寄托于传统的道德舆论武器。“或许……我们可以从‘妖言惑众’、‘奇技淫巧祸乱朝纲’等方面入手，联络清流言官，制造舆论，迫使陛下放弃那些‘不合礼法’的举措？”
然而，一想到那可能存在的、能防治瘟疫、强健国民的“神药”，这种攻击就显得苍白无力。在实实在在的利益和生存面前，空洞的道德指责能有多大效果？
于是，整个八月，长安城内的世家核心圈层，都弥漫着一种“山雨欲来风满楼”的压抑气氛。他们依旧锦衣玉食，依旧在朝堂上保持着体面，但内心深处，却被一种前所未有的惶惑与无力感所笼罩。
他们频繁地秘密集会，交换着各自打探到的、支离破碎的信息，试图拼凑出真相，却往往越拼越乱，越讨论越觉得前景黯淡。
他们密切关注着皇宫的任何一丝风吹草动，一个不经意的官员调动，一次看似寻常的物资采购，都能让他们分析半天，草木皆兵。
他们看着李世民依旧如常地处理朝政，与群臣议事后留下那几位心腹，然后一切又归于平静。这种“暴风雨前的宁静”，更让他们感到窒息。
那个隐藏在深宫之中，不知姓名、不知来历的年轻人，以及他带来的那些超越时代的知识，就像一把达摩克利斯之剑，高悬在所有世家门阀的头顶。他们不知道这把剑何时会落下，会以何种方式落下，只知道，随着孙思邈的入宫和那个秘密部门的运转，剑刃，似乎正在被磨得更加锋利。
他们习惯了掌控一切，如今却连对手的影子都摸不到，只能在这无尽的猜测与等待中，煎熬着，恐惧着，等待着那未知的、却仿佛注定到来的剧变。这种等待，比任何已知的威胁，都更加折磨人心。