随着大明远洋水师的崛起，海关税收的激增，以及海商总协会的成立，大明的海洋事业进入了一个前所未有的活跃期。然而，繁荣的背后，是日益复杂的海上事务和层出不穷的新问题：中外商船纠纷、海盗劫掠与自卫的界限、战时禁运物资的界定、领海范围的模糊、乃至水师缉私的权力与程序……旧的《大明律》中涉及海事的条款已远远不够用，各地官员往往凭借个人理解和地方惯例处置，导致标准不一，怨声载道，甚至给了胥吏贪赃枉法的空间。
朱由校（陈远）深知，没有规矩，不成方圆。尤其是在这涉及巨大利益和对外关系的敏感领域，必须有一套清晰、统一、具有权威性的规则。于是，在他的亲自指导和推动下，由刑部、兵部、户部、礼部及新任的海关总署官员共同组成编纂班子，参考部分缴获的荷兰、葡萄牙海事条例，结合大明实际情况，历时数月，草拟出了《大明海疆律例》草案。
这一日，文华殿内，关于这部旷古未有的涉海法典的审议，引发了比之前海禁之议更为激烈的争论。
草案被誊抄多份，分发至与会重臣手中。其内容之详尽、理念之新颖，令许多老成持重的官员瞠目结舌。
“陛下，”一位刑部老侍郎率先发言，他指着律例总则部分，眉头紧锁，“此律例开篇即言‘大明领海’，并划定‘自沿岸潮汐线向外延伸至肉眼不可见陆地之海域’为其范围？此……此界定依据何在？《周礼》？《唐律》？还是太祖《大诰》？茫茫大海，如何勘界？若他国船只在此范围内航行，我水师便可驱逐甚至攻击，岂非徒惹纷争？”
另一位都察院御史接口道：“还有此处，‘凡于大明领海、官府划定之航道、港口内，所有船只，无论中外，皆须遵守本法及后续章程’。此语虽显天朝气度，然则将西夷商船与我大明子民等同视之，置于同一律法之下，是否……有失体统？夷狄之辈，岂能与我华夏子民同律？”
保守派的质疑主要集中在“领海”概念的虚无缥缈、以及对外国船只的“平等”待遇上，这触及了他们“华夷之辨”的根本观念。
支持改革的官员则据理力争。
兵部尚书王在晋道：“诸位，领海之界定，绝非虚言！若无此界，则西夷战舰可直逼我海岸，商船可随意停靠任何滩涂进行走私，我水师何以御敌？何以缉私？此乃扞卫海疆之基石！至于肉眼不可见之标准，虽显粗疏，然眼下乃权宜之计，日后格物院测绘制图更为精熟，自可细化。”
海关总署的一位郎中则道：“将中外商船置于同一律法之下，非为抬举西夷，实为便于管理，彰显我大明律法之公正严明。若对西夷一套，对本国商民另一套，则法令紊乱，胥吏易上下其手，反生更大弊端。且律例中亦明确，西夷若违我礼法风俗，惩处更严，并未失却天朝体统。”
争论的焦点还延伸至具体条款。例如，关于“战时禁运物资”的清单，是否应包含粮食、铁器？关于水师临检、缉拿可疑船只的权限和程序，如何防止兵丁借机扰民？关于海商协会垄断特定航线贸易的合法性，是否与律例中“鼓励通商”的原则相悖？
朱由校高坐御座，冷静地听着双方的辩论。他知道，这部律例的许多观念是超前的，必然会引来守旧势力的猛烈抨击。但他更清楚，没有这部律法，大明的海洋事业将永远停留在人治的、混乱的初级阶段，无法真正走向制度化、规范化。
待争论声稍歇，他才缓缓开口，声音不高，却带着不容置疑的威严：“海疆万里，非比陆地。旧有律法，如陆战之车，难行于水。《大明海疆律例》，便是朕为这万里海疆打造的战舰！或许初造之时，尚有不足，需不断修缮，但若无此舰，我大明便只能在近海徘徊，望洋兴叹！”
他目光扫过那些面露不服的保守官员：“领海之界，必须明确！此乃国家主权所在，不容含糊！对外商一视同仁，乃是为了律法威严，便于管理，而非自降身份！具体条款，若有瑕疵，可议可改，然立法之精神，不可动摇！”
在皇帝的强力推动下，尽管仍有不少官员心存疑虑，但《大明海疆律例》的颁布已势在必行。最终，经过数轮修改，这部囊括了领海、航运、贸易、缉私、战时行为准则等方方面面，共计十二章二百余条的大明第一部具有近代意义的涉海法典，正式由朱由校下旨，刊印天下，通令沿海各省及水师衙门严格执行。
法典颁布之日，沿海各省反应各异。水师将领和海关官员大多欢欣鼓舞，终于有了执法的明确依据；部分开通的海商亦认为有了稳定经营的保障；而那些习惯于在灰色地带牟利的地方豪强、走私商贩以及与之勾结的官吏，则感到套在脖子上的绳索又紧了一圈，暗中怨愤不已。
这部超前的律法，能否在习惯于旧有模式的中外海商和沿海官吏中得到有效执行，无疑面临着巨大的考验。但无论如何，一个试图用规则而非仅仅依靠武力来管理海洋的时代，已经随着这部律例的颁布，悄然拉开了序幕。