他下令大军在城外扎营，并未立即攻城，而是先派使者手持安民告示，前往各门劝降。
很快，以赵之龙、王铎为首的留守官员，在绝望和压力下，打开了聚宝门，率领残存的文武官员，向吴三凤献城投降。曾经作为大明陪都、南明小朝廷中心的南京城，几乎是以一种不流血的方式，落入了北朝手中。
吴三凤骑着高头大马，在亲兵的簇拥下，缓缓进入这座象征着江南繁华和权力的城市。
街道两旁，门窗紧闭，百姓躲在家中，透过门缝惊恐地注视着这支装备精良、军容整肃的“征服者”军队。
吴三凤下令严格约束军纪，严禁劫掠，并迅速派兵接管府库、衙门，张贴安民告示，试图尽快恢复秩序。
弘光帝朱由崧一行仓皇抵达杭州府，将这座东南繁华之地变成了临时行在。然而，行宫尚未坐稳，惊魂未定，更坏的消息接踵而至——北朝大将左梦庚已率精锐大军，以“奉诏讨逆、克复河山”为名，自河南方向猛扑过来，兵锋直指浙江！
左梦庚大军一路东进，几乎未遇任何像样的抵抗。南朝小朝廷闻风而逃，更助长了他麾下军队的骄横之气。这支军队本就军纪松弛，养成了跋扈的习性。此次以“追击伪朝”为名出征，更是将沿途当成了发泄和劫掠的乐园。
大军过处，如同蝗虫过境。富庶的浙北、浙东地区惨遭荼毒。左梦庚虽有心约束，但部下将领阳奉阴违，劫掠成性，加之他也存了纵兵抢掠以充军饷、激励士气的私心，便睁一只眼闭一只眼。
于是，烧杀抢掠、奸淫妇女、强征民夫的恶行屡见不鲜。城镇被洗劫一空，村庄化为灰烬，百姓流离失所，哭号震天。左梦庚“复河山”的旗号，在累累暴行之下，显得无比讽刺。
左梦庚大军东进、兵锋直指杭州的消息，如同死亡的丧钟，在这座临时都城内敲响。行宫之内，一片死寂。弘光帝朱由崧面无人色，瘫坐在龙椅上，身体不住地颤抖。马士英、阮大铖等重臣如同热锅上的蚂蚁，焦躁不安，却又束手无策。
黄得功的残部刚刚经历泗阳、镇江惨败，士卒疲惫，军心涣散，器械不全，粮草短缺，根本无力抵挡左梦庚那如狼似虎的生力军。城内的守军更是士气低落，恐慌的情绪如同瘟疫般蔓延。杭州城，已然是一座不设防的危城。
“陛下！左逆大军旦夕可至，杭州断不可守！为今之计，唯有……唯有继续南狩！”马士英的声音带着绝望的嘶哑，他知道，再次逃亡意味着什么，但留下只能是死路一条。
就在这混乱和绝望达到顶点之时，一名太监慌慌张张地跑入殿内，禀报道：“陛下！郑国公遣密使求见！”
殿内众人皆是一愣。在这个节骨眼上，郑芝龙的使者到来，意欲何为？
很快，郑家使者被引了进来。他并未行大礼，只是微微躬身：“臣奉我家主公郑国公之命，特来拜见陛下，呈上主公之意。”
马士英强作镇定，问道：“郑国公此时遣使，有何见教？”
使者目光扫过殿内惶惶不可终日的君臣，缓缓说道：“如今局势，陛下与诸位大人想必心知肚明。北朝势大，左逆逼近，杭州危如累卵。黄将军所部，已无力再战。若陛下执意留在此地，或继续南奔，恐皆非善局。届时，玉石俱焚，宗庙倾覆，非忠臣义士所愿见。”
他顿了顿，抛出了郑芝龙的条件：“我家主公念及君臣名分，不忍见陛下受辱，愿为陛下及朝廷提供一条生路。请陛下颁下诏书，效仿古之尧舜，禅让帝位，以息兵戈，保社稷宗庙。而后，陛下可携皇室宗亲、文武百官，移驾福建。我家主公将以臣礼相待，保陛下与诸位大人安全无虞，富贵终身。福建依山傍海，足可割据自保，徐图后举。此乃眼下唯一可行之策，望陛下圣断！”
此言一出，如同惊雷炸响！禅让？移驾福建？这分明是逼宫！是要弘光帝交出皇位，然后整个朝廷去福建寄人篱下，成为郑芝龙的傀儡！
“放肆！”马士英勃然变色，厉声呵斥，“郑芝龙竟敢口出狂言，欲行篡逆之事！”
阮大铖也气得浑身发抖：“我大明三百年基业，岂可拱手让人！陛下万金之躯，岂能受制于一介海寇！”
然而，他们的怒斥显得如此苍白无力。使者面无表情，只是淡淡回应：“诸位大人息怒。我家主公此议，实为保全陛下性命、延续宗庙香火之上策。若是不从……左梦庚的刀锋，恐怕不日即至。届时，悔之晚矣。何去何从，请陛下与诸位大人，三思！” 说完，他再次躬身，退到一旁，冷眼旁观着殿内众人的反应。
弘光帝朱由崧早已吓得魂飞魄散，涕泪交流，只会喃喃道：“这……这如何是好……如何是好啊……”
马士英和阮大铖等人面面相觑，脸上已无半点血色。他们何尝不知，郑芝龙这是趁火打劫，但现实是，他们已无路可走。
抵抗左梦庚是死路一条，继续南逃也是前途渺茫，而且很可能在半路就被追上。接受郑芝龙的条件，虽然屈辱，但至少能保住性命，或许还能在福建保留一丝残存的势力……
“陛下！杭州不可久留！左梦庚狼子野心，其部更是军纪败坏，若城破，臣等死不足惜，唯恐陛下受辱啊！”马士英跪在朱由崧面前，声音凄惶。无需多言，南逃，成了唯一的选择。
几乎没有做任何有效的抵抗准备，弘光朝廷再次踏上了逃亡之路。君臣一行，在黄得功残部的护卫下，弃守杭州，仓皇向南，经绍兴、宁波方向，往更南边的台州、甚至福建方向逃窜。
北京城，虽百官皆知江南大捷之事，但当兵部尚书刘泽清出列，手持军报，高声宣诵时，殿内依旧响起一片压抑不住的惊叹与低语。