在应对宏观经济挑战的同时，另一个更为棘手、牵动无数人命运的改革难题，也摆在了林瀚面前——国有企业的改革。
粤东的国有企业，虽然比内地一些老工业基地包袱稍轻，但也普遍存在着机制僵化、人浮于事、效益低下、债务沉重等问题。许多企业靠着银行贷款和政府补贴勉强维持，成为了财政的沉重负担。
林瀚在调研中，亲眼看到了某些国营老厂的困境：设备陈旧，产品滞销，车间里工人无所事事，管理层却缺乏改革动力。一位老工人拉着他的手说：“领导，我们厂以前很红火的，现在……唉，我们不怕吃苦，就怕没活干啊！”
这一幕深深刺痛了林瀚。他知道，国企改革势在必行，但这又是一场牵一发而动全身的硬仗，涉及到国有资产保值增值、几十万职工的安置、社会稳定的维护，政治敏感性和社会风险都极高。
在省委省政府的支持下，林瀚牵头制定了《广东省深化国有企业改革若干问题的决定》，确立了“抓大放小”、“有进有退”、“制度创新”的基本思路。
“抓大”，就是集中力量抓好一批关系国计民生、具有发展前景的大型骨干企业，进行公司制改造，建立现代企业制度，鼓励它们走向市场，参与国际竞争。
“放小”，则是通过改组、联合、兼并、租赁、承包经营、股份合作制、出售等多种形式，放开搞活国有中小企业，甚至允许其退出国有序列。
改革的第一步，是选择几家情况各异的企业进行试点。林瀚亲自点将，将特区在股份制改革和建立现代企业制度方面的经验，引入到省属几家大型企业中。同时，他也顶着巨大的压力，推动了对一批长期亏损、扭亏无望的市县属小企业进行改制或破产清算的试点。
消息传出，引起了巨大的震动。赞扬声有之，但质疑和反对的声音更为强烈。
“这是国有资产流失！”
“这是要把工人往社会上推，制造不稳定！”
“林瀚这是在搞资本主义！”
……
各种帽子铺天盖地而来。甚至有一些受影响企业的职工，开始到省政府门前请愿。
林瀚感受到了空前的压力。他知道，改革进入了真正的深水区，每一步都可能踩到雷。但他更清楚，如果现在不改，问题只会越积越多，最终积重难返。
他不仅强调了试点工作要做到规范透明这一原则性问题，还特别指出国有资产的评估与交易都需要遵循法律法规来执行，并对其进行严格把关。此外，对于涉及到众多员工利益的职工安置方案也提出了高要求——必须考虑周全且确保万无一失才行！与此同时，他更是身体力行地去践行这些理念：亲自出面接待来访的职工代表们，并以极大的耐心认真聆听着每一个人的心声、了解大家内心真实想法及具体需求等情况后再向众人详细阐释此次改革实施的重要意义以及相关部门所采取的一系列保障举措等等。
“改革会有阵痛，但不改革就是长痛。”林瀚对身边的同志说，“我们必须对历史负责，对人民负责。这个攻坚战，再难也要打下去！”