“神秘病毒现世，埃塞俄比亚已有超过三万人感染，南非已有超过十万人感染......病毒感染者的数量仍在增加......”
“......感染症状多样，但多数感染者都是先有发烧症状，然后身体各项指标迅速下降，身体器官逐渐衰竭，少部分人身体直接开始腐烂......”
“联合国现已采取措施进行感染隔离，世界卫生组织已开始调查病毒源头，各大国开始研制疫苗抗体......”
公元两千九百七十二年，突如其来的未知病毒迅速在世界各国蔓延，尽管各国进行了严密的防控仍旧无法抑制病毒的传播，短短三年时间数十个小国已经消亡，全球原本一百二十亿的人口只剩下五十亿不到。此时，欧洲各国趁机开始相互兼并最终合为一个大国，并以“欧盟”作为国家名字。
公元两千九百七十五年，地球超过半数地区沦为无人区。各地区的感染者尸体无人处理，尸横遍野。为数不多仍在坚持的几个大国突然发现，那些本该腐烂的尸体竟“活”了过来，身体最基本的机能恢复但没有思维能力近似于野兽，成为了影视剧中的丧尸。为了避免情况继续恶化，华夏、自由联邦、俄国、印梵、欧盟仅存的五个国邦对世界各地进行了地毯式轰炸，将这些死尸化作尘灰。但令人难以置信的是，那些“尘灰”违反物理规律地飘向空中，短短几天的时间彻底将天空覆盖，使地球沦陷在黑暗之中，人类就此进入“黑暗纪元”。
公元两千九百七十八年，人类决定建立地下城市，保存人类火种。
公元三千年，人类成功建立一百座地下城市并进入地下城市生存，放弃了地表的生存之地，就此进入了“地下纪元”。
经历了数十年的研究，人类终于得以见到神秘病毒的内部结构，这种病毒的遗传物质复杂程度远超遗传物质dNA和RNA，它的结构由三十一条单链遗传物质螺旋嵌合形成一个整体，并以其特征将这种结构命名为三十一螺旋结构，世界卫生组织正式将这种病毒命名为“Secretive-31”，但因为Secretive-31遗传物质中的碱基对与已知的各种生物都不同，科研人员难以解析其遗传密码，因此仍旧没有办法治疗这种病毒的感染。
在“地下纪元”持续了三百五十二年后，幸存的人类最终决定重回地表。在这段时间里躲藏在地下的人类因为难以控制的暴乱产生了分裂割据，大量人类在暴乱中毙命。与此同时，地球的其他生物也被Secretive-31感染并产生了变异，回到地表的人类为此建立了城墙来保护新建的城市，就此人类结束了“地下纪元”，并开始着手研究如何解决Secretive-31，希冀结束“黑暗纪元”。