寻踪号返回地球时，联盟总部的主体建筑已初具雏形。淡蓝色的晶体穹顶下，来自星际联盟、星穹文明和地球的科研人员正紧锣密鼓地研究原生星核的数据，试图破解“旧神归来”的秘密。林砚刚走出飞船，就被艾丽娅拉到一旁，神色凝重。
“出什么事了？”林砚察觉不对，连忙追问。
“星际联盟内部出现分歧。”艾丽娅压低声音，递给他一份加密文件，“以‘铁血派’为首的势力认为，原生星核是威胁，应该彻底摧毁；而我们‘共生派’主张研究其能量特性，为联盟提供新的发展动力。两派争执不下，甚至有人质疑星穹文明隐瞒了关于旧神的关键信息。”
林砚快速翻阅文件，眉头越皱越紧：“铁血派还提出了什么要求？”
“他们要求星穹文明交出所有关于原生星核和旧神的古籍，由星际联盟主导研究，否则就撤回支援舰队。”艾丽娅无奈道，“卡伦族长已经拒绝了，现在双方的关系很紧张，联盟随时可能出现裂痕。”
两人正说着，苏清瑶匆匆跑来，手中的检测报告让她脸色发白：“林砚，我们在寻踪号带回的太空尘埃样本中，发现了一种未知的能量粒子，这种粒子与原生星核的能量波动高度相似，而且……它正在朝着地球扩散！”
“什么？”林砚心中一惊，“扩散速度有多快？对生物有影响吗？”
“目前扩散范围还局限在大气层外围，但速度在加快。”苏清瑶调出数据图表，“初步实验显示，这种粒子会干扰生物基因，虽然暂时没有引发变异，但长期暴露可能导致基因链不稳定，就像……赤骸病毒爆发前的征兆。”
一连串的坏消息让指挥中心的气氛压抑到了极点。叶薇提议：“不如召开三方紧急会议，先解决星际联盟和星穹文明的分歧，再集中力量研究能量粒子的问题。”
林砚点头同意，立刻通知三方代表参会。会议上，星际联盟铁血派代表、中将雷克率先发难，语气强硬：“星穹文明一直隐瞒旧神和原生星核的信息，导致联盟陷入被动。如果你们不交出古籍，我们很难相信你们的合作诚意！”
卡伦脸色平静，缓缓开口：“并非我们有意隐瞒，只是古籍中关于旧神的记载残缺不全，且大多是传说，贸然公开只会引起恐慌。而且，能量粒子正在扩散，当务之急是解决地球的危机，而非纠结于古籍。”
“借口！”雷克拍案而起，“谁知道这能量粒子是不是星穹文明研究原生星核导致的？你们想独吞原生星核的力量，却让地球和星际联盟承担风险！”
双方争执不下，会议陷入僵局。林砚看着剑拔弩张的场面，突然开口：“我有一个提议。由三方共同组建‘星核研究小组’，星穹文明提供古籍副本，星际联盟提供实验设备，地球负责场地和安保。研究成果三方共享，既能解开旧神的秘密，也能尽快找到应对能量粒子的方法。至于支援舰队，若星际联盟执意撤回，地球和星穹文明的联合舰队，足以守住地球防线。”
这番话既给了星际联盟台阶，也表明了地球的立场。雷克沉默片刻，最终点头：“可以，但研究小组必须由星际联盟主导，星穹文明的技术人员需接受监督。”
“没问题，但监督不能干涉研究进度。”卡伦也做出让步。
危机暂时化解，研究小组很快在联盟总部旁建立了实验室。然而，就在研究进行到第三天时，实验室突然发生爆炸，存放古籍副本的密室被洗劫一空，负责看守的两名星际联盟士兵离奇死亡。
“现场没有留下任何线索，只有这个。”叶薇拿着一枚刻有暗黑星盟标志的徽章，递给林砚，“但我总觉得不对劲，暗黑星盟的残余势力应该没有能力潜入联盟总部。”
林砚摩挲着徽章，突然想到了什么：“艾丽娅，雷克中将最近的行踪有没有异常？”
艾丽娅一愣，随即调取监控：“他昨天下午以‘巡查安保’为由，去过实验室附近，而且停留了足足半小时。更奇怪的是，爆炸发生时，他的卫队恰好‘巧合’地调离了实验室周边的岗哨。”
“果然有问题。”林砚眼神一冷，“他不是为了星际联盟，而是想独吞古籍，利用原生星核的力量壮大铁血派！”
叶薇立刻请命：“我去逮捕雷克！”
“等等。”林砚拦住她，“没有直接证据，贸然行动会引发星际联盟内部的动荡。我们先暗中调查，找到他与暗黑星盟勾结的证据——这枚徽章，很可能是他故意留下，嫁祸给暗黑星盟的。”
接下来的几天，林砚等人暗中跟踪雷克，发现他频繁与一名神秘人会面。通过窃听设备，他们得知雷克竟真的与暗黑星盟的残余势力有联系，他承诺帮助对方获取原生星核，条件是暗黑星盟协助他掌控星际联盟。
“证据确凿，是时候收网了。”林砚看着手中的录音和监控录像，对众人说，“艾丽娅，你联系星际联盟的共生派将领，让他们做好接应准备；叶薇，带领小队包围雷克的府邸；苏清瑶，继续监测能量粒子的扩散情况，一旦有异常，立刻通知我们。”
行动当晚，叶薇带领小队顺利包围雷克的府邸。然而，当他们冲进去时，却发现雷克已经倒在地上，气息全无，而那本被偷走的古籍副本，正放在他的尸体旁。
“又是暗黑星盟的标志。”叶薇捡起地上的徽章，眉头紧锁，“看来他们杀了雷克，想嫁祸给我们，同时夺走古籍。”
林砚看着雷克的尸体，心中充满了疑惑：“暗黑星盟的残余势力不可能有这么大的能量，背后一定还有人在操控。而且，他们偷走古籍，肯定是为了再次前往死寂星域，夺取原生星核。”
就在这时，苏清瑶的通讯突然接入，声音带着惊慌：“林砚，能量粒子的扩散速度突然加快，而且……它们正在朝着联盟总部聚集，像是被什么东西吸引！”
林砚心中一沉，立刻冲出府邸，朝着联盟总部跑去。远远地，他看到总部的晶体穹顶正被一层金色的光晕笼罩，那些能量粒子如同受到召唤般，不断涌入穹顶内部。
“不好！”林砚大喊，“能量粒子被原生星核的残余能量吸引，一旦聚集过多，会引发爆炸，整个总部都会被摧毁！”
众人立刻行动起来，疏散总部内的人员，同时启动防御系统，试图阻挡能量粒子的聚集。然而，能量粒子的速度越来越快，防御系统很快就被突破，金色的光晕越来越浓，穹顶开始出现裂痕。
林砚看着眼前的景象，突然想起卡伦之前说过的话：“星核共鸣石能与原生星核的能量产生共鸣，或许……它也能驱散这些能量粒子。”他立刻拿出吊坠，将自己的能量注入其中。
共鸣石发出耀眼的蓝光，朝着金色光晕飞去。当蓝光与金色光晕接触时，奇迹发生了——能量粒子如同遇到天敌般，开始四散逃离，金色光晕逐渐消散，穹顶的裂痕也停止了扩大。
众人松了一口气，林砚握着共鸣石，心中却更加警惕。他知道，这只是暂时的平静，暗黑星盟背后的势力，以及“旧神归来”的威胁，还在暗中潜伏。而那本被偷走的古籍，就像一颗定时炸弹，随时可能引发更大的危机。
第二天，联盟召开紧急会议，公布了雷克的罪行和暗黑星盟的阴谋。星际联盟的共生派趁机掌控了权力，与地球、星穹文明的关系更加紧密。但林砚清楚，真正的敌人还未浮出水面，他们必须尽快找回古籍，阻止对方夺取原生星核。
寻踪号再次起航，这一次，他们的目标是暗黑星盟残余势力的藏身之地——位于银河系边缘的一颗废弃星球。林砚站在舷窗前，望着深邃的宇宙，握紧了手中的共鸣石。他知道，这一次的任务，将决定整个银河系的命运。