从此，他们远离宫廷纷争，来到一处宁静小镇开设医馆。医馆开业不久，名声就传播开来，每日前来求医问诊之人络绎不绝。
一日，一位神秘的老者带着重病的孙子前来求医。苏瑶细心诊治后开了药方，可这孩子病情奇特，用药后不见好转。苏瑶心急如焚，日夜钻研医书，尝试各种方法。李轩则四处打听奇方妙药。
数日后，李轩带回一种罕见草药，据说对这病症有奇效。苏瑶赶忙制成药剂给孩子服下。终于，孩子的病渐渐痊愈。老者感激涕零，原来他竟是隐居山林的神医。神医见苏瑶与李轩心怀大义，医术精湛却不为名利所困，大为赞赏，便传授他们一本失传已久的医书。此后，苏瑶和李轩凭借这本医书，救治更多疑难杂症患者，他们的善举被人们口口相传，成为当地受人敬仰的传奇人物，过上了平淡而幸福的生活。然而，平静的日子并没有持续太久。一天，一群官兵突然闯入医馆，为首的将领宣称朝廷有令，要苏瑶和李轩回宫为皇室治病。原来宫中突发恶疾，太医们束手无策。百姓们纷纷围过来求情，称二人已远离宫廷纷争不应再被牵扯其中。但将领强硬表示皇命不可违。
苏瑶和李轩相视一眼，无奈只能收拾东西随官兵前往皇宫。皇宫内一片愁云惨雾，患病之人痛苦不堪。苏瑶和李轩仔细查看病情后，运用那本医书上所学知识研制出新药。病人服用后逐渐康复。皇帝大喜，欲重赏二人并留他们在宫中任职御医。苏瑶和李轩婉拒，表示只愿回到小镇继续行医救人。皇帝最终应允，还赐下一块免扰金牌。于是，两人再次回到小镇，继续过着悬壶济世、与世无争的幸福生活。可是，那块免扰金牌并未挡住麻烦。几个月后的一天，一个穿着华丽的女子带着一群侍从来到医馆。这女子是朝中大臣之女，听闻了苏瑶和李轩的神奇医术，非要他们为其治疗脸上的一块胎记。苏瑶解释胎记并非疾病，无需医治。但女子不听，竟指使侍从大闹医馆。正在此时，一位年轻人路过，喝止了这群人。女子见状愤愤离去。年轻人向苏瑶和李轩表明身份，他是一名游历四方的侠客，听闻二人美名特来拜访。交谈间，三人颇为投缘。自那以后，侠客时常带来各地的奇闻轶事和珍稀药材送给他们。有了这些药材，苏瑶和李轩更加得心应手地救治病患。而随着时间推移，医馆也慢慢恢复往日的平静，他们依旧每日热心接待每一位病人，用高超的医术和善良的心肠书写着属于他们的传奇人生，不受外界干扰，一心沉浸于救死扶伤的事业之中。苏瑶和李轩在边疆的善举传遍了全国，百姓们对他们二人感恩戴德。待一切安定之后，苏瑶与徒弟准备回宫。皇帝亲自迎接他们归来，还举办了盛大的宴会。宴会上，皇帝当众嘉奖苏瑶师徒，并赏赐诸多宝物。同时，皇帝也褒奖了李轩，感谢他远赴边疆相助。
这时，之前嫉妒苏瑶的人心中又生歹意，妄图再次污蔑苏瑶。她们买通了苏瑶身边一个小丫鬟，让她诬陷苏瑶在边疆时私藏军饷。然而苏瑶早有防备，拿出详实账目表明一切清白。皇帝龙颜大怒，将那些污蔑之人严惩。
经过此事，苏瑶心感宫中争斗不断，便向皇帝请求出宫开医馆济世救人。皇帝念其功劳，应允了她。李轩听闻苏瑶要离开，也决定辞官追随苏瑶，一起在民间行医施药，造福更多的百姓。从此，他们远离宫廷纷争，过上了平静且充实的生活。