当众人以为事情平息时，邻国宫廷却借此发难，欲要关闭医馆。秦墨据理力争，提出当着众人面重新医治患者以证清白。在她妙手回春之下，患者康复如初。民众看到此景，纷纷指责宫廷故意刁难。宫廷无奈，只得放弃打压医馆。经此一难，秦墨医馆名声更盛，各国前来求学之人络绎不绝，秦墨也得以更好地传承医道。随着各国求学者的到来，医馆变得热闹非凡。然而，平静之下暗涌流动。秦墨发现，新来的学徒中有几个举止怪异。经过多日观察，她发觉这几人竟试图窃取医馆的秘方。原来，是之前被打脸的邻国宫廷不甘心失败，派来奸细妄图搞垮医馆。
秦墨心生一计，故意放出假的秘方让奸细得到。奸细不知是计，欣喜若狂地带回去复命。邻国按照假秘方制药，结果病人服用后状况百出。这时，秦墨带着真秘方和证据来到邻国宫廷。
她当众揭露邻国的阴谋，还表明医馆一直秉持悬壶济世之心，希望两国不要再互相算计。邻国君主自知理亏，向秦墨道歉，并承诺严惩涉事者。秦墨大度原谅，回国之后，她加强了医馆的管理，对学徒们更加用心教导，而医馆在经历重重磨难后，终于成为闻名诸国且备受尊敬的医学圣地。几年后，医馆愈发兴盛。一日，一位神秘贵人前来求医。此人遮遮掩掩，秦墨心中起疑但仍尽心诊治。在治疗过程中，秦墨发现他所患病症甚是奇特，并非寻常疾病。
秦墨四处探寻药方，偶然间在古籍中发现线索，竟是一种失传已久的蛊毒所致。她怀疑背后有人蓄意为之，于是暗中调查。最终发现是国内另一股势力嫉妒医馆威望，勾结他国巫医下蛊。
秦墨不动声色，先解了贵人之毒。随后将证据呈给皇上，皇上大怒，惩治了那股势力。医馆再次度过危机，秦墨深知树大招风，此后她不仅钻研医术，还广交善缘。她培养出众多优秀医者，将医馆分号开遍各国。从此，无论贫富贵贱，只要患病之人找到秦氏医馆，皆能得到救治，秦墨的名字也永远载入各国史册，被尊称为神医，受万人敬仰。
多年过去，秦墨已至暮年。她决定挑选一位合适的接班人来掌管医馆。众多弟子中，有一位名叫苏瑶的女子脱颖而出。她聪慧善良且极具医德。秦墨将毕生所学毫无保留传授于她。
就在秦墨准备彻底归隐之时，一场罕见的疫病席卷而来。各国陷入恐慌，许多医者对此病束手无策。苏瑶虽尽力救治，但效果不佳。秦墨听闻后，不顾年迈体弱出山相助。
秦墨凭借丰富的经验，从古籍中找出应对之法。她带领众弟子上山采药，研制新药方。经过日夜奋战，终于成功制出解药。这场疫病过后，医馆的声望达到顶峰。
秦墨欣慰地看着医馆的发展，她知道自己可以安心离去了。在一个宁静的夜晚，秦墨与世长辞。苏瑶继承她的遗志，继续经营医馆，让秦氏医馆的名号永远闪耀，延续着悬壶济世的传奇。