船体合成完毕，希望号拥有了坚韧的“躯壳”，接下来，就是为其注入“灵魂”与“血脉”——整合所有的内部系统。
维修舱内，希望号的舱门敞开着，内部还是各种线缆裸露、设备半安装的状态，如同一个正在组装中的精密仪器。林启接下来的工作，就是将这些独立的子系统，像拼图一样，精准地嵌入飞船的框架内，并让它们彼此连接，协同工作。
这项工作极其繁琐，考验的不仅是技术，更是耐心和全局规划能力。
生命维持系统： 这是生存的底线。林启将修复好的空气循环过滤器、二氧化碳吸附装置、水回收净化单元以及温度调控器，一一安装到飞船前部的生命维持舱室。最紧张的时刻是首次闭环测试。他封闭了舱门，启动了系统。听着内部风机开始运转，看着仪表上氧气浓度和温度逐渐稳定在宜居范围，水循环系统发出轻柔的汩汩声，他才彻底放下心来。这意味着，在浩瀚星海中，他至少拥有了一个能独立维持他生存的小小空间。
导航与控制系统： 这是飞船的大脑和神经。他将那台经熵核优化过的老旧导航计算机安装进主控室，连接上修复好的星图传感器、惯性导航单元以及外部摄像头。接着是操控台，他将自制的、带有明显拼接痕迹的操纵杆、油门阀以及密密麻麻布满了指示灯和按钮的控制面板连接到位。通电后，主屏幕亮起，虽然界面古朴，但各项传感器数据开始源源不断地反馈上来，操纵杆的响应也异常灵敏。他坐在驾驶座上，虽然飞船还固定在船坞，但一种掌控感已油然而生。
能源与动力系统： 这是飞船的心脏。修复好的等离子主引擎和辅助动力单元被稳稳地安装在船尾引擎舱。最关键的，是他精心合成的“应急能源矩阵”。八个高品质能量电池被嵌入特制的矩阵架中，连接着那个改造过的“矩阵控制核心”。当林启合上能源总闸的瞬间，矩阵架上的指示灯依次亮起绿色的光芒，控制核心发出平稳的嗡鸣，代表着八个“士兵”已就位，随时可以爆发出强大的集体力量。飞船内部的灯光骤然变得明亮而稳定，所有系统仿佛被注入了活力。
整合与调试： 这并非简单的物理连接。各个系统之间的能量流、数据流需要无缝对接。林启手持多功能探测仪，穿梭在狭窄的舱室内，一遍又一遍地检查每一条线路，测试每一个接口。他利用熵核进行辅助，不是大规模合成，而是进行微观层面的“优化”和“校准”，确保能量传输损耗最低，数据延迟最小。
这个过程耗费了他大量的时间和精力。常常为了一个传感器的数据偏差，或者一个阀门的响应延迟，就要排查大半天。但每当解决一个问题，看到各个系统之间的联系更加顺畅，飞船的整体性更强一分，他的成就感就增加一分。
当最后一个子系统——内部通讯器——传出他清晰的测试音时，林启知道，整合工作基本完成了。
此刻的希望号，内部不再是一片杂乱。虽然依旧能看到手工打造的痕迹和材料拼接的接口，显得有些“粗犷”，但所有系统都已各就各位，管线规整，指示灯有序闪烁，充满了科技造物特有的、井然有序的美感。
一艘真正的、能够驰骋星海的飞船，已初具雏形！