就在圣钥舰进入大气层的时候，一直在圣钥舰内和鬼面兽周旋的士官长决定另想办法，既然在战舰上无法得到支援，那么我就到有支援的地方再想办法。
想到这里，士官长直接离开了圣钥舰，然后凭借雷神锤装甲的形能来了一次肉身从大气层空降。
随着圣钥舰进入地球大气层，士官长跳出了圣钥舰，肉身空降到了东非丛林中。此时绝大多数真相先知的部队都已经集中到了城市附近完全发掘出的方舟传送门周围，并在附近布下了重型防空炮和重兵把守，并且和传送门内部的行动小队与格里芬交战并保证他们不会逃跑。
在士官长空降途中，两名odSt用激光指示器在阿富汗附近的一场行动中定位到了士官长的空降坐标。这些数据成功帮助约翰逊军士长和神风烈士提尔·瓦达姆定位到了士官长。在士官长一行人穿过丛林以后，他们击退了星盟，成功乘坐鹈鹕号撤到了鸦巢基地。而星盟则一路尾随，对基地发起了攻击。
UNSc的指挥官，米兰达·凯斯继承了她父亲优秀指挥官天赋，撤离了基地并在它被占领前用炸弹摧毁了它。士官长因为来的及时逃过了基地的毁灭，之后他与枪炮军士雷诺兹会合，乘坐疣猪号沿着查沃公路前往沃城。一路上他收拢了UNSc的幸存者并且消灭了星盟的重装甲部队。
而此时在城内的传送门下，格里芬与行动小队的防御已经到了尾声，天空中刚开始出现异象，真相发现了这一情况之后立刻明白传送门即将开启.
于是真相先知直接指挥着圣钥舰靠近了传送门上空，同时大量的星盟战舰也在向着真相先知靠近。哈珀指挥着自己手上所有的舰队开始向真相先知发起进攻，可惜他们的战舰无论是吨位还是火力都无法和真相先知相比，甚至mAc也无法击穿星盟无畏舰的装甲。
就在双方僵持不下的时候，传送门被激活了。
真相先知看到了心心念念的传送门已经打开，没有任何犹豫直接命令战舰开始进入传送门。星盟纷纷通过传送门离开了地球。真相先知的离开，带来了一个明显的效果，星盟的战斗网络随着真相先知的离去陷入了一盘散沙。UNSc部队趁机在北美联合共和国的西南地区发动了大规模反击，吹响了接下来一连串反击行动的号角。
“我们的计划成功了，接下来，我i和威特康，你来负责地面反攻的工作，哈珀你和格里芬还有这位提尔·瓦达米先生的舰队准备前往方舟，人类和银河其他是否能够生存下来就看你们了。”悉尼地下的UNScA8总部内泰伦斯·胡德开始布置任务。
由于真相先知带着鬼面兽离开，现在整个星盟士兵，无论是天上的舰队还是地面上的地面的部队，全都陷入了群龙无首的阶段。原本有仇的氏族居然互相打了起来，这让UNSc有了喘息之机。再加上圣赫利人因为真相先知的迫害决定退出星盟并向真相先知进行复仇。
商量好了行动方案之后，三方开始各自准备，他们的时间不多，根据士官长的说法，如果真相先知进入方舟之后，他们只有几天时间，他们必须在这几天之内进入方舟，并且杀死真相先知。
“我们有个好消息。”泰伦斯·胡德在通讯中告诉林恩。
“之前的行动小队已经率先一步进入了方舟，虽然他们无法传递消息，但我们有过预案如果他们能够成功进入方舟，那么他们将会作为前哨为我们提供信息。”
林恩当然这个消息，在地下传送门开启的时候，疾风校准直接将鬼面兽以及其他星盟部队利用光幕隔绝在外，然后带着行动小队和格里芬以及她们的设备从容撤离。
她们进入方舟之后才知道方舟并不是一艘船。
方舟被称为00特区，它被制造出来的目的有两个一个是作为光环设施的制造工厂，以更换因各种原因造成损失的光环特区，第二个是作为物种保护的方舟，用来保护光环启动后物种的生存与发展。
行动小队和格里芬来到方舟后的运气不错，他们出现在了一个先行者研究站的附近，因为有疾风校准的帮助，他们很快就进入了这座研究站。
疾风校准通过先行者研究站的广播语言和众人取得了沟通，通过疾风校准斯巴达，A9小队以及格里芬了解了方舟的来源。
特别是当得知了光环是一个巨大的灭绝武器之后，无论是斯巴达还是A9小队都觉得必须要尽快解决真相先知。
回到地球，经过了两天的准备，UNSc和格里芬集合了一支精锐的联合舰队，准备进入方舟。但就在这个时候，UNSc的雷达侦测到了一艘星盟战舰进入了地球。
当提尔·瓦达米和士官长看到了战舰的样子之后，都发出了惊呼。这是洪魔的感染战舰。
就在地球战役趋于白热化，圣赫利人惩戒舰队则在尽全力维持对05环带和博爱之城的封锁。但被洪魔感染的罪责放纵号战舰却逃出了封锁并在真相先知进入传送门时抵达了地球。随后整艘战舰直接一头撞在了非洲地区
”快，命令附近的所有人后撤，同时让轰炸机对那里投放燃烧弹，有多少扔多少
士官长和神风烈士立即朝坠毁现场进发，准备超载引爆坠毁的巡洋舰的反应堆。爆炸将会摧毁这座城市但是同样也有机会能够阻止洪魔扩散。
就在这时
一支由舰船大师阿泰斯·瓦图姆及其座下的鬼影号突击航母率领的精英战斗群也紧随洪魔而来。阿泰斯·瓦图姆派出了精英士兵协助UNSc，而他们只有很少的时间，赶在沃城及其周边地区被玻璃化之前取回AI。
士官长在洪魔战舰内找到了一个包含有科塔娜的存储装置，他委托343罪恶火花修复它，随后乘坐魅影号撤回到了鬼影号航母上。
洪魔的到来打乱了所有人的部署，对于洪魔即使是林恩也知道它们的危险，所以现在摆在他们面前有两条路。