东方有世界，名净琉璃。其地非金非玉，乃光明凝结之体，青碧琉璃为基，赤瑙玛瑙为阶，砗磲砗磲铺道，金银错落其间。七宝峰矗立中极，峰顶药师琉璃光如来法座庄严，身如湛蓝晴空，青碧光焰自顶门而出，化八万四千道光明丝绦，垂照大千。此界众生，非骨肉凡胎，乃清光净气聚形，寿同日月，无有病苦夭殇。天穹恒布七彩光幔，非云非霞，实为药师佛十二大愿显化之功德天罗。光幔流动间，清越梵音袅袅，闻者心垢自落。
世界中央，有浩瀚光明海，非水非液，乃纯粹光能凝聚。海底涌八万四千茎青莲，莲心各承一城。城垣以光霞织就，楼阁由妙音筑成。有城名“无忧”，檐角风铃摇动，散出解郁金芒；有城名“延寿”，街衢流光所及，草木岁增一轮；有城名“净垢”，池中光莲摇曳，触瓣则宿业消融。此间生灵，行走坐卧皆伴清辉，谈笑呼吸俱是梵呗。
忽有晦朔之日，极东天幕无声绽裂。初如蛛网，顷刻蔓延如穹顶碎瓷。自裂隙中，倾泻而下非风非雨，乃粘稠污浊之“业瘴”。其色如淤血，其味若腐尸，触琉璃大地则嘶嘶作响，蚀出焦黑孔洞；沾清光生灵，立时身形浑浊，哀鸣顿起——此乃净琉璃世界开天辟地第一声痛呼！
药师如来眉间白毫骤放毫光，遍照十方。光中显影：下界娑婆国中，暴君“戾纣”以万民血魂饲魔，筑“积怨塔”。塔尖穿透三界屏障，引众生贪、嗔、痴、慢、疑五毒秽气，凝结成这毁佛灭净之业瘴洪流！此刻，污秽正沿裂隙倒灌琉璃世界！
“宫毗罗何在？”佛音清越，却隐含雷霆。座下十二神将之首宫毗罗，金甲铿然出列：“末将领法旨！”佛掌中现药师灌顶真言咒轮，其光青碧如玉：“业瘴生于心垢，寻常神通难灭。汝率诸将，护持光明海青莲城池，凡沾秽众生，以甘露阵暂封其痛，待吾寻根除源！”
宫毗罗率十二神将，布“药师净光结界”。金光如伞盖撑开，暂阻倾盆业瘴。然污浊如活物，附于光罩外壁，滋滋腐蚀。神将伐折罗挥金刚杵击之，污秽飞溅，反蚀其杵身斑驳！同时，光明海骤起狂澜。业瘴入水，如墨汁滴入琼浆，光液翻腾污化。一株青莲城池“离垢城”首当其冲，光霞城墙如酥饼崩解，城中生灵清光之体染上黑斑，痛楚扭曲，光形溃散之声竟如玻璃迸裂！
药师如来足踏青莲，升至裂隙边缘。佛目穿透三界，直抵娑婆国积怨塔顶。塔身以人骨为基，怨魂缠绕，塔尖一颗硕大“五毒心”如肿瘤搏动，正源源喷吐秽气。戾纣狂笑响彻幽冥：“琉璃老儿！汝之净土，不过梦幻泡影！今以人间至浊，污汝至清，方显真实！”
佛叹：“痴儿，以毒攻净，如抱薪救火。”双手结药师如来根本印，身后显现巨大法相——左手托“能除生死苦”药壶，壶口倾泻青色光瀑；右手持“照澈三有暗”无忧树枝，枝摇处清辉如雨。光瀑清辉直灌裂隙，冲刷业瘴。污秽触之，如雪遇沸汤，大片消融。然塔尖五毒心骤然收缩，竟将佛力吸入，反喷出更浓黑腥毒烟！烟中幻化万千怨毒魔头，啃噬佛光！
娑婆国北境，焦土千里。少年明澈背负染疫垂死的祖母，蹒跚于尸骸间。忽见天际佛光与黑烟绞缠，一片青琉璃碎片自光晕中坠落掌心，温润生光。碎片映出祖母枯槁面容，竟有细碎黑气自其七窍溢出。“此乃秽气侵体…”明澈福至心灵，引碎片贴近祖母心口。青光大盛，黑气如遇克星，丝丝抽离！祖母面上死气稍退。
“欲净琉璃天，当除娑婆孽。”碎片中传出渺远佛音。明澈循光指引，跋涉至鹿野废墟。一株枯藤虬结于断塔残垣，藤上悬十二枚干瘪异果。有老僧残影显现：“此乃佛昔年十二大愿所结‘善缘种’，然久无人血浇灌，灵性蒙尘。汝若愿承众生之苦以活藤，善果或可复生。”明澈割腕，热血洒向枯藤。藤蔓如饥龙吸水，瞬间绽新芽、抽翠叶，十二果饱满莹润，光华流转！
明澈携果入世。见疔疮者予“除病果”，其疮立愈，明澈臂生痈疽；遇瘟疫者予“脱厄果”，热毒散尽，明澈寒战如堕冰窟；逢战场断肢者予“完身果”，残肢续生，明澈足筋如遭刀剜！魔军追索而至，箭雨倾盆。明澈以身护篓，利箭透胸！热血浸透药篓，十二果骤放冲霄清光，光中浮现十二大愿金字真言，如金锁横空，直贯积怨塔！
琉璃天上，药师如来法眼含悲：“善哉！愿心共鸣，此子已成活药引！”佛指轻拈七宝峰头一茎青莲。莲瓣纷落，化光桥直通娑婆。垂死的明澈被莲光包裹，伤口处生出琉璃般脉络。佛音贯其识海：“汝承世间苦，今授汝药师法印。”
明澈立身积怨塔下，身放青碧佛光，手结药师定印。塔周翻腾的怨魂如见克星，尖啸退避！戾纣暴怒，亲率魔军自塔中杀出。明澈不闪不避，口诵药师灌顶真言，身后隐现药师佛虚影。真言如实质金环荡开，魔兵触之即化飞灰！戾纣挥动噬魂戟劈来，明澈引颈受刃——戟刃及颈，竟发出金玉交击之声，寸寸断裂！佛光自明澈全身毛孔迸射，如万针攒刺戾纣。暴君周身魔气溃散，露出枯槁本相，惊骇欲绝：“汝…汝是何物？！”
“吾乃众生愿力，汝之孽债镜鉴！”明澈声如洪钟，一掌按向戾纣天灵。佛光贯顶，暴君平生所造杀孽如走马灯般涌入识海：饿殍哀嚎、妇孺血泪、忠骨泣诉…戾纣如遭雷击，七窍溢出黑血，五毒心剧烈抽搐！
琉璃天裂隙处，药师如来感知娑婆因果流转，佛身骤化八万四千琉璃光点，如星河倒卷，尽没入裂隙！光点直抵积怨塔核心，渗入搏动的五毒心。心内无尽怨毒魔影，遇琉璃光如雪消融。戾纣抱头惨嚎，周身蒸腾腥臭黑烟。五毒心“咔嚓”裂开，污秽本源暴露——竟是一团蠕动的、由亿万怨念凝结的“无明暗核”！
“痴毒深重，犹可医也。”药师佛真身于暗核前显现，左手药壶倾倒，青色光液如天河决堤，冲刷暗核；右手无忧树枝轻拂，梵音凝成实质经卷，缠绕包裹。暗核尖啸挣扎，污血喷溅，蚀穿佛衣金缕。佛身光焰随之明灭，七宝峰亦为之震颤！
光明海中，受污青莲城池尽数枯萎。宫毗罗等神将结阵苦撑，金甲已现裂纹。忽闻天际传来佛之宏愿：“第三大愿：愿我来世，除众生诸病，令身心安乐！”此愿一出，枯萎青莲竟齐齐震动，莲心迸发微光，与佛愿共鸣！琉璃大地无数光点升腾，汇入佛身。
药师如来通体琉璃光焰暴涨，如青日坠空，合身扑向无明暗核！光与暗终极碰撞，无声无息间，暗核如冰消融，积怨塔轰然崩塌！佛之金身亦在强光中渐趋透明，唯余慈悲之音回荡：“此身化桥，渡尔浊浪。”
业瘴洪流顿失源头，裂隙开始弥合。然残余秽气仍在琉璃天肆虐。药师佛消散处，升起一尊顶天立地的琉璃巨像——左手药壶倾倒，甘霖光雨洒落，所及处黑斑消退，病者复明；右手高擎青焰心灯，光耀大千，秽气触之即散。巨像双足踏住即将闭合的裂隙，身成不朽桥梁，连接净琉璃与娑婆。
从此，琉璃世界中央，巍然矗立药师化现之琉璃光巨像。其周身毛孔，昼夜不息流淌青色光液，汇入重生的光明海。海中八万四千青莲城池，光霞更胜往昔。众生每仰巨像，皆知佛以身为碑，铭刻大医精诚。时有娑婆苦难者，于绝境中见天际青辉，循光而来，以身心浊秽触碰佛足光流。垢尽之日，额现琉璃印，竟可自由往返两界，化身祛病除厄之行者。明澈常立佛肩，为后来者讲述那场以愿为药、焚身照暗的琉璃劫变。光海深处，偶有涟漪微动，似佛低眉含笑，照见又一粒尘世心垢，于琉璃光中悄然消融。
异史氏曰：琉璃世界之劫，实乃大愿证道之炉。佛以净光为体，竟纳娑婆至秽，非自损也，乃示现心垢本空、佛性不染之真谛。明澈少年，承血启愿藤，非独勇也，乃众生自救之灵光乍现。最叹为观止者，莫过佛化巨像永镇两界隘口！左手甘露涤病，右手心灯破暗，双足为桥，身为碑碣。此非寂灭，乃将慈悲化入宇宙呼吸，使业瘴海翻作菩提津渡。嗟乎！世羡净土无尘，岂知至纯琉璃光，必经万劫浊浪淬炼方显？佛坐光海而垂目，照见无明暗核深处，原有一念回头之善根，如莲子在泥，逢愿即绽。此间大光明，非在离尘绝垢，而在以浊世为药引，煅出照彻三界的心灯。