就在孙铭于东线冒险奇袭，一举焚毁清军粮道，搅动整个徐州战局的同时，北伐的第三条战线——水师，也在沉寂多时后，终于亮出了它隐藏已久的锋利獠牙。与陆路兵马的金戈铁马、尘土飞扬不同，水师的行动，更多了几分江海之上的诡谲与磅礴。
长江与淮河交汇处附近，一片被芦苇荡严密遮蔽的港汊内，樯橹如林，帆影蔽日。黄得功站在经过加固改装、体型尤为庞大的“镇江”号旗舰船头，粗粝的手掌抚摸着冰凉的船舷，望着眼前这片由大小百余艘战船组成的庞大舰队，眼中闪烁着与年龄不符的炽热光芒。他等这一天，已经等了太久。
不同于金声桓的中路军需要攻坚克难，也不同于孙铭的东路军需要应付复杂的政治局面，黄得功接到的指令更为明确，也更为凶险——“寻机突入黄河，截断虏军南北漕运，策应中、东两路主力！” 这意味着，他的水师将脱离相对安全的长江、淮河水域，冒险进入已被清军控制、水文情况复杂且敌情不明的黄河水道，执行一场孤军深入的破交作战。
“大帅，各船均已检查完毕，弹药粮秣充足，将士们求战心切！”副将孙应元（注：借用明末抗清将领名，此处为艺术创作）上前禀报，他是黄得功一手提拔起来的水师后起之秀，精通水战，对林慕义推行的新式水师战术理解颇深。
黄得功点了点头，目光扫过麾下诸将：“王爷将如此重任交予我水师，是信重，亦是考验！黄河不比长江，水浅沙多，虏军虽水师不强，然于险要处必设炮台、铁索，更兼有小船火攻之患。此去，凶险异常，诸位可有惧意？”
“愿随大帅，扬帆北进，虽死无憾！”众将轰然应诺，声震芦苇荡。
“好！”黄得功重重一拍船舷，“传令！各船升起‘顺天讨虏’旗，按照预定序列，出发！”
随着旗舰上升起一串复杂的信号旗，庞大的舰队如同苏醒的巨兽，缓缓驶出隐蔽的港汊，先是进入淮河主干道，然后逆流而上，目标直指黄河入口。舰队核心是二十余艘经过专门改造的炮舰，包括“镇江”级大型炮舰五艘，每舰装备二十至三十门不等的新式“破浪”炮；以及更多的“快蟹”、“梭鱼”级中型炮舰，机动灵活，火力不俗。此外，还有大量的运兵船、补给船以及专门用于对付火船和执行跳帮任务的小型战船。
舰队行动并非一味蛮干。王五麾下的细作早已提前活动，不仅摸清了黄河下游清军主要据点和炮台的位置，更重金收买或威胁了一些熟悉黄河水文的老船工、老渔民作为向导。舰队航行路线经过精心规划，尽量避开清军重兵布防的区域，利用夜间和复杂水道隐蔽行踪。
然而，如此规模的舰队想要完全隐匿行踪几乎是不可能的。数日后，当水师前锋抵达泗州附近，准备由此转入黄河古道时，终于与闻讯赶来的清军水师遭遇。这支清军水师主要由收缴的明军旧船和临时征调的民船组成，战船性能低劣，水兵训练不足，但其胜在数量众多，且得到了岸上炮台的支援。
“列阵！炮舰居前，呈雁行阵！小型战船护卫两翼，防备火攻！”黄得功站在“镇江”号高高的尾楼上，冷静地下达命令。多年的水战经验与讲武堂的新式战术学习，让他面对敌情时从容不迫。
震耳欲聋的炮战在宽阔的河面上展开。振明军水师炮舰率先发难，改良后的“破浪”炮射程远超清军岸炮和船炮，精准的炮火如同长了眼睛般，将冲在最前面的清军战船一一撕碎、点燃。白色的硝烟在河面上弥漫开来，火光与黑烟交织，被击中的清军战船燃起熊熊大火，缓缓沉没，落水的清兵在冰冷的河水中挣扎呼号。
清军试图仗着船多，采取包围和火攻战术。数十艘装满柴薪火油的小船，被点燃后顺流而下，冲向振明军舰队。
“拦截火船！长杆撑开！水龙喷射！”各舰军官声嘶力竭地指挥着。小型战船上的水兵们奋力用长杆将靠近的火船推开，或是利用船上装备的、由匠作营特制的水龙（压力喷水器）喷水灭火。训练有素的配合使得清军的火攻收效甚微。
岸上的清军炮台不断轰鸣，试图压制振明军舰队。然而，黄得功早已派出搭载了陆战队员的运兵船，在炮火掩护下，于炮台侧翼兵力薄弱处实施了强行登陆。这些陆战队员同样装备了燧发铳和震天雷，战术犀利，迅速攻克了数座炮台，为舰队打开了通道。
经过近两个时辰的激战，清军水师损失惨重，残部狼狈逃窜，岸炮台也多被摧毁。黄得功水师成功地突破了清军在淮河入黄口的封锁，庞大的舰队如同决口的洪流，浩浩荡荡地驶入了混浊汹涌的黄河！
“信号旗！通告全军，我们已入黄河！”黄得功看着身后蜿蜒如长龙的舰队，以及前方那更加开阔、却也更加危机四伏的黄河水道，豪气顿生，“目标，徐州以北的房村渡！那里是虏军重要的漕粮中转站，给老子端了它！”
舰队沿着黄河主航道，借助风力与桨力，快速北上。黄得功采纳了向导的建议，避开主流中淤积的沙洲，选择水深足够的航道前行。沿途遇到小股的清军水师或沿岸哨所，根本不与其纠缠，直接以猛烈炮火开路，碾压而过。
消息传到北京，多尔衮再次震怒。他没想到林慕义的水师竟有如此实力和胆魄，敢深入黄河作战！漕运乃清廷命脉所在，一旦被截断，不仅前线大军粮草不济，连北京的供应都将成大问题！他严令山东、北直隶各地加紧防范，并急调部分关宁军沿黄河布防，甚至考虑启用部分投降的原明军水师将领，试图在黄河上重建水师力量。
然而，黄得功根本不给他们重整旗鼓的时间。数日后，水师主力突然出现在房村渡外。此时，渡口内正停泊着数十艘满载粮秣的漕船，岸上仓库更是堆积如山。
没有任何警告，也没有任何试探。振明军水师所有炮舰同时开火，将无数的炮弹和火箭（“飞天火鸦”的舰载版）倾泻到渡口和漕船队中。刹那间，房村渡陷入一片火海，爆炸声连绵不绝，漕船被炸得木屑横飞，粮食化为灰烬，冲天的火光几十里外都清晰可见。
摧毁房村渡后，黄得功并不停留，舰队继续沿黄河西进，一路扫荡清军漕运节点，兵锋一度威胁到济宁州。整个清廷控制的黄河下游漕运体系，被这把从南方突然刺入的利刃，搅得天翻地覆，近乎瘫痪。
北伐三路大军，中路攻坚，东路奇袭，西路（水师）破交，如同一架精密战车的三个轮子，终于开始同步发力，相互策应。黄得功水师在黄河上的纵横驰骋，不仅沉重打击了清军的后勤补给，极大缓解了中、东两路正面战场的压力，更如同一柄抵在清廷咽喉的匕首，让其感受到了来自水上的、前所未有的致命威胁。北伐的战火，终于从陆地点燃，蔓延到了浩瀚的江河之上。